현물출자 이월과세 부인 양도세 부과 적법여부

원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자한 것으로 봄이 상당하고, 이 사건 법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 아니하여 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ’영농조합법인‘에 해당한다고 볼 수 없어 원고가 현물출자하고 이월과세 신고한 것을 부인한 처분은 적법함

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 22. 원고에 대하여 한 2017년 귀속분 양도소득세 1,251,932,050원 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가 . 대전 유성구 ### 답 10,704.4 ㎡ 1)( 이하 ‘ 이 사건 부동산 ’ 이라 한다 ) 에 관하여 1997. 5. 30. 원고 외 6 인의 공동명의로 상속을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다가 , 2000. 9. 6. 원고 단독 명의로 협의분할로 인한 상속을 원인으로 한 소유권경정등기가 마쳐졌다 .

나 . 원고는 2017. 3. 14. 김 **, 박 **, 임 **, 노 ** 과 함께 대** 영농조합법인 ( 이하 ‘ 이 사건 법인 ’ 이라 한다 ) 을 설립하였다 .

다 . 원고는 2017. 3. 13. 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자하였고 , 2017. 3.13. 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 법인 앞으로 2017. 3. 13. 자 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다 .

라 . 원고는 2017. 9. 8. 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 921,019,813 원으로 신고하면서 , 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항에 따른 양도소득세 이월과세 적용을 신청하였다 .

마 . 피고는 세무조사 실시 결과 , ‘ 원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자하였다고 보아 이 사건 법인이 적법하게 설립한 영농조합법인이라고 볼 없다 ’ 는 이유로 원고의 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고 , 2022. 12. 22. 원고에 대하여 2017 년 귀속 양도소득세 1,251,932,050 원을 부과하는 처분 ( 이하 ‘ 이 사건 처분 ’ 이라 한다 ) 을하였다 .

바 . 원고는 2023. 1. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 , 조세심판원은 2023. 7. 11. 원고의 청구를 기각하였다 .

[ 인정근거 ] 다툼 없는 사실 , 갑 제 1, 2, 4, 14, 21, 23 호증의 각 기재 , 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가 . 원고의 주장

1) 원고는 2017. 3. 13. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 ( 이하 ‘ 농어업경영체법 ’ 이라 한다 ) 제 16 조 및 정관에 따라 요건을 구비하여 이 사건 법인에 대하여 설립신고를 하였고 , 대전광역시 유성구청장이 설립신고를 수리하여 이 사건 법인에 대한설립등기가 마쳐졌으므로 , 대전광역시 유성구청장의 수리행위는 행정행위에 해당하여그 수리행위에 공정력이 발생하였다고 할 것이다 . 대전광역시 유성구청장의 수리행위가 위법함을 이유로 취소되지 않는 이상 피고가 그 효력을 다툴 수 없는 것임에도 불구하고 , 이 사건 법인이 적법하게 설립된 영농조합법인이라 볼 수 없다는 이유로 한이 사건 처분은 행정행위의 공정력에 반하는 것으로 위법하다 .

2) 원고가 이 사건 법인에 이 사건 부동산을 현물출자한 행위는 ‘ 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위 ’ 에 해당한다고 볼수 없어 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않음에도 불구하고 , 원고의 현물출자행위의 적법 · 유효성을 부인한 이 사건 처분은 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인의법리에 반하는 것으로 위법하다 .

나 . 관계 법령

별지 기재와 같다 .

다 . 판단

1) 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항의 ‘ 영농조합법인 ’ 에 해당하는지 여부

가 ) 관련 규정 및 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 , 합리적이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 , 특히 감면요건 규정가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의원칙에도 부합한다 ( 대법원 2006. 1. 26. 선고 2004 두 2684 판결 등 참조 ).

(2) 구 조세특례제한법 (2018. 12. 24. 법률 제 19430 호로 개정되기 전의 것 , 이하 ‘ 구 조세특례제한법 ’ 이라 한다 ) 제 66 조 제 7 항은 “ 대통령령으로 정하는 농업인이 2018 년 12 월 31 일 이전에 영농조합법인에 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제 3 조제 1 호에 따른 농작물재배업ㆍ축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산 ( 제 4 항에 따른 농지 및 초지는 제외한다 ) 을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다 .” 고 정하고 있고 , 위 조항의 ‘ 영농조합법인 ’ 은 같은 조 제 1 항에서 ‘ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 ’ 으로 정하고 있다 . 구 농어업경영체 육성 및 지원에관한 법률 (2021. 8. 17. 법률 제 18400 호로 개정되기 전의 것 , 이하 ‘ 구 농어업경영체법 ’ 이라 한다 ) 제 16 조 제 1 항은 “ 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제 3 조 제 4 호에 따른 농업 관련 생산자단체 ( 이하 " 농업생산자단체 " 라 한다 ) 는 5 인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다 .” 고 정하고 있고 , 구 농어업경영체법 제 17 조 제 1 항은 “ 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다 ” 고 정하고 있으며 , 위 농업인은 같은 법 제 2 조 제 1 호에서 “ 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제 3 조 제 2 호에 따른농업인을 말한다 .” 고 정하고 있다 . 구 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 (2020. 12. 8. 법률 제 17618 호로 개정되기 전의 것 , 이하 ‘ 구 농어업식품기본법 ’ 이라 한다 ) 제 3 조 제 2 호는 ’ 농업인 ‘ 을 “ 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에해당하는 자 ” 로 정하고 있고 , 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법 시행령 ( 이하 ’ 농어업식품기본법 시행령 ‘ 이라 한다 ) 제 3 조 제 1 항은 ’1 천제곱미터 이상의 농지 ( 「농어촌정비법」제 98 조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다 ) 를 경영하거나 경작하는 사람 ‘( 제 1 호 ), ’ 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120 만원 이상인 사람 ‘( 제 2 호 ), ’1 년 중 90 일 이상 농업에 종사하는 사람 ‘( 제 3 호 ), ’ 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제 16 조 제 1 항에 따라 설립된 영농조합법인의농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1 년 이상 계속하여 고용된 사람 ‘( 제 4 호 ), ’ 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제 19 조 제 1 항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매활동에 1 년 이상 계속하여 고용된 사람 ‘( 제 5 호 ) 을 농업인으로 정하고 있다 .

(3) 이 사건 법인의 정관 ( 갑 제 3 호증 ) 은 제 8 조에서 이 사건 법인의 조합원이될 수 있는 농업인은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다고 정하면서 제 1 호에서는 ’1 천 제곱미터 이상의 농지를 경영 또는 경작하는 자나 농업경영을 통한 농산물 , 축산물의 연간 판매액이 100 만 원 이상인 자 또는 1 년 중 90 일 이상 농업에 종사하는 자 ‘ 를 , 제 2 호에서는 ’ 만 20 세 이상의 성년으로서 본 조합법인의 설립취지에 찬동하는 자 ‘ 를 , 제 3 호에서는 ’200 만 원 이상의 현금 또는 이에 상응하는 농지 , 농기계 , 가축 , 기타의현물을 출자한 자 ‘ 를 각 요건으로 규정하고 있다 .

(4) 위 규정들을 위 법리에 비추어 살펴보면 , 구 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항에 따라 이월과세를 적용받을 수 있는 ’ 영농조합법인 ‘ 은 구 농어업경영체법 제 16 조 제 1 항 , 제 17 조 제 1 항에 따라 5 인 이상의 농업인 또는 농업생산자단체가 조합원이 되어 설립된 영농조합법인을 의미하고 , 여기서 농업인은 구 농어업경영체법 제 2 조 제 1 호 , 구농어업식품기본법 제 3 조 제 2 호 , 구 농어업식품기본법 시행령 제 3 조 제 1 항 , 이 사건 법인 정관 제 8 조의 요건을 갖춘 농업인이어야 한다고 봄이 타당하다 .

나 ) 인정사실

(1) 이 사건 법인은 원고 , 김 **, 박 **, 임 **, 노 **( 이하 원고를 제외한나머지 조합원들을 ’ 김 ** 외 3 인 ‘ 이라 한다 ) 을 조합원으로 하여 설립되었고 , 설립 당시 출자의 총 좌수는 39,200 좌 , 납입출자액의 총액은 3,920,000,000 원이었다 .

(2) 원고 및 김 ** 외 3 인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 정관을 작성하여 공증인 ** 사무소 등부 2017 제 3219 호로 인증을 받고 , 아래와 같은 내용의 출자자산내역 및 이행증명서를 작성하였다 .

(3) 원고 및 김 ** 외 3 인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 창립총회를 개최하여 원고를 이사로 , 김 ** 을 감사로 각 선출하는 결의를 하였고 , 원고와 김 ** 은 그 취임을 승낙하였다 .

조합원 성명

출자내역

평가액 출자좌수

현물 현금

원고 이 사건 부동산 3,900,000,000 원 39,000 좌

김 ** 5,000,000 원 5,000,000 원 50 좌

박 ** 5,000,000 원 5,000,000 원 50 좌

임 ** 5,000,000 원 5,000,000 원 50 좌

노 ** 5,000,000 원 5,000,000 원 50 좌

계 20,000,000 원 3,920,000,000 원 39,200 좌

(4) 이 사건 법인은 2020. 11. 9. 주식회사 ** 개발에게 이 사건 부동산 및원고 소유의 ’ 대전 유성구 ## 하천 101.6 ㎡ ‘ 을 매매대금 8,600,000,000 원에매도하기로 하는 부동산매매계약을 체결하였다 .

(5) 원고는 2020. 11. 17. 정 ** 와 사이에 이 사건 법인의 주식 39,200 주를양도가액 3,949,810,796 원에 양도하기로 하는 내용의 주식양도양수계약을 체결하였는데 , 원고의 유성농협에 대한 대출금 채무 3,549,897,802 원 및 농협은행대전본부에 대한대출금 채무 399,912,994 원을 정 ** 가 상환하는 것으로 매매대금의 지급에 갈음하기로 약정하였다 .

(6) 2020. 11. 17. 이 사건 법인의 조합원총회가 개최되어 원고가 이사직을 사임하고 정 ** 를 이사로 선출하는 내용의 결의가 이루어졌다 .

(7) 이 사건 법인은 2020. 11. 23. 주식회사 ** 농업회사법인과 사이에 이 사건 부동산을 매매대금 8,570,000,000 원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였고 , 이 사건 부동산에 관하여 2020. 12. 11. 주식회사 ** 농업회사법인 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다 .

(8) 원고가 2022. 9. 15. 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사 과정에서 작성 한 문답서의 주요 내용은 아래와 같다 .

(9) 김 ** 외 3 인은 2022. 9. 15. 및 2023. 9. 16. ’ 이 사건 법인에 현금 5,000,000 원을 출자하거나 이익금을 분배받은 사실이 없고 , 이 사건 법인에서 조합원들과 설립일부터 현재까지 영농 , 협업 등에 종사하거나 이 사건 법인 부동산 처분에 관여한 사실이 없다 ‘ 는 취지의 확인서를 작성하였고 , 그 중 노 ** 은 ’ 오랜 지인 , 고객으로서 부탁에 의해서 명의를 빌려준 거 ‘ 라고 진술하였다 .

(10) 한편 , 김 ** 외 3 인 중 1 인인 노 ** 은 대전 대 ## 전 10,066 ㎡에 관하여 2015. 9. 2. 농업경영체 등록을 마쳤다가 , 2018. 10. 4. 위 등록을 말소하였다 .

[ 인정근거 ] 다툼 없는 사실 , 갑 제 1, 3 내지 6, 8, 11 내지 14 호증 , 을 제 1, 2, 5 호증의

각 기재 , 변론 전체의 취지

다 ) 구체적 판단

살피건대 , 위 인정사실 , 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들 , 즉 ① 김 ** 외 3 인은 이 사건 법인 설립 당시 각 현금 5,000,0000 원을 출자한 사실이 없다고 진술하였고 , 달리 김 ** 외 3 인의 출자 사실을 인정할 만한 금융거래내역 등이 제출되지 아니한 점 , ② 원고는 2020. 11. 9. 자신이 소유한 ’ 대전 유성구 ## 하천 101.6 ㎡ ‘ 를 주식회사 ** 개발에게 매도하면서 , 이 사건 법인을 매도인으로 하는 매매계약서를 작성한 점 , ③ 원고는 2020. 11.17. 정 ** 에게 김 ** 외 3 인의 소유로 되어있는 200 주를 포함하여 이 사건 법인의총 주식 39,200 주를 단독으로 매도하였고 , 그 매매대금의 지급을 원고 개인의 대출금 채무를 상환하는 것으로 갈음한 점 , ④ 원고는 피고의 원고에 대한 양도소득세 조사과정에서 , 김 ** 외 3 인은 이 사건 법인에 현금 또는 현물을 출자한 사실이 없고 , 이 사건 법인이 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 출하 등에 종사하거나 실질적인 매출을 발생시킨 사실이 없음을 인정한 점 , ⑤ 노 ** 은 2018. 10. 4. 농업경영체 등록을 말소하여 구 농어업경영체법 제 2 조 제 1 호 , 구 농어업식품기본법 제 3 조 제 2 호 , 구 농어업식품기본법 시행령 제 3 조 제 1 항 , 이 사건 법인 정관 제 8 조의 요건을 갖춘 농업인에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면 , 원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자한 것으로 봄이 상당하고 , 이 사건 법인은 5 인 이상의 농업인을 조합원으로하여 설립되지 아니하여 구 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항의 ’ 영농조합법인 ‘ 에 해당한다고 볼 수 없다 .

2) 공정력에 반한다는 주장에 관한 판단

가 ) 살피건대 , 구 농어업경영체법 제 16 조 제 3 항은 ’ 영농조합법인 및 영어조합법인은 법인으로 하며 , 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다 .‘ 고규정하고 있고 , 농어업경영체법 제 16 조 제 3 항이 2021. 8. 17. 법률 제 18400 호로 개정됨에 따라 , 위 개정 법률 시행일인 2022. 8. 18. 부터 영농조합법인 설립등기에 앞서 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장 등에게 설립신고를 하도록 하는 사전신고제가 시행되었다 . 이 사건 법인에 관하여 2017. 3. 14. 설립등기가 마쳐진 사실은 앞서 본 바와 같고 , 원고로서는 이 사건 법인을 설립할 당시 설립신고를 하거나 행정청으로부터 설립신고수리를 받을 필요성이 없었다고 할 것인바 , 원고가 제출한 증거들만으로는 대전광역시 유성구청장 2) 이 이 사건 법인에 대한 설립신고를 수리하였다거나 이 사건 법인의 설립과 관련하여 공정력을 발생시키는 행정행위를 하였다고 인정할 만한 사정을 찾아 볼 수 없다 . 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다 .

나 ) 한편 행정행위는 위법하더라도 취소되지 않는 한 유효한 것으로 통용되는 공정력이 있고 ( 대법원 1994. 4. 12. 선고 93 누 21088 판결 참조 ), 이는 행정행위가 취소되지 않는 한 당사자가 그 효력을 부인할 수 없음을 의미하기는 하나 , 그렇다고 하여당사자가 소송절차 등에서 해당 행정행위의 적법 여부를 다툴 수조차 없다는 것을 의미하지는 않는 것이어서 , 설령 이 사건 법인의 설립에 대하여 행정청의 신고수리행위가 있었다고 하더라도 , 피고가 위 신고수리행위의 적법성을 다툴 수 없다거나 신고수리행위의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단에 기속되어 당사자들이나 법원이 이에 모순되는 주장이나 판단을 할 수 없게 되는 것도 아니라고 할 것이다 .

3) 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인의 법리에 반한다는 주장에 관한 판단

가 ) 소득세법 제 101 조 제 1 항은 ’ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다 ‘ 고 규정하고 있는데 , 소득세법 제 101 조 제 1 항의 ‘ 부당행위계산부인 ’ 규정은 , 거주자의 행위 또는계산이 객관적인 사실에 합치되고 또한 법률상 유효․적법한 것으로서 회계상으로는 정확한 계산이라 하더라도 그 행위나 계산이 특수관계자 사이의 거래이고 저가양도 등 객관적으로 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 유형의 거래에 해당되는 경우에는 세법상 이를 부인하여 정부가 법령이 정하는 방법으로 소득금액을 계산하는 제도이다 ( 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000 두 1799 판결 등 참조 ).

나 ) 살피건대 , 피고가 원고에 대하여 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항의 ’ 영농조합법인 ‘ 에 해당하지 아니함을 이유로 원고의 이월과세 신청을 부인하고 , 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으므로 , 이 사건 처분이 소득세법 제 101 조 제 1 항에 따라 원고의 현물출자 행위가 ’ 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 ‘ 라고 보아 이 사건 부동산에 대한 현물출자 평가액을 부인한 것이라고 볼 수 없다 . 그렇다면 , 원고의 현물출자 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖추었는지 여부는 이 사건 처분의 위법 여부를 판단하는 데에 고려할 사항이 아니라고 할 것이어서 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다 .

4) 소결론

따라서 이 사건 법인이 5 인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 영농조합 법인이 아니라고 보아 원고의 구 조세특례제한법 제 66 조 제 7 항에 따른 이월과세 적용 신청을 부인한 이 사건 처분은 적법하다 .

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다 .