미국법인의 국내 미등록 특허 사용료는 국내원천소득에 해당하지 아니함

미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없음

사 건

2021구합66500 법인세(원천)경정거부처분 취소

원 고

○○○○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 10. 19.

판 결 선 고

2023. 12. 21.

주 문

1. 피고가 2021. x. x. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘경정청구 대상세액’란 기재 2016 내지 2019 사업연도 법인(원천)세 합계 xxx,xxx,xxx원에 대한 각 경정거부처분 중 별지 1 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 금액 합계 xxx,xxx,xxx 원 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 △△으로 이루어진 배터리, 셀, 세퍼레이터, 전해액에 관한 기술에 대한 특허권 등 지적재산권을 소유한 미국법인이다.

나. 미국법인인 AAAA 코퍼레이션(AAAA Corporation, 이하 ‘AAAA’라 한다)은 2007. 5.경 원고에게 AAAA가 미국, 일본, 한국, 중국 및 유럽에서 등록한 11건의 특허권(이하 ‘이 사건 특허’라 한다)에 관하여 그 독점적 라이선스 권한을 부여하였고, 원고는 2011년경 이 사건 특허에 대한 라이선스 권한을 미국법인 BBB(이하 ‘BBB’라 한다)에 다시 허여하였으며, BBB는 2014. 1. 1. 이 사건 특허에 관한 실시권을 내국법인인 SSS 주식회사(이하 ‘SSS’라 한다)에 허여하였다(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다).

다. SSS는 2019. x. 4. 전지, 영상표시장치, 정보통신기기 관련 소재 사업부문을 물적분할하여 CCC 주식회사(이하 ‘CCC’라 한다)를 신설하고 이 사건 계약에 관한 권리․의무를 CCC에 전부 이전하였다.

라. 원고는 2015. x. 16. BBB로부터 이 사건 계약상 지위를 다시 이전받았고, SSS는 이 사건 계약에 따라 2016. x. 4.부터 2019. x. 29.까지 이 사건 특허에 관한 사용료를 지급하면서 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한‧미 조세협약’이라 한다) 제 14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 산정한 법인세(원고가 납부한 법인세액에 관하여 당사자들 사이에 다툼이 있으므로 뒤에서 살펴보기로 한다)를 원천징수하였고, CCC는 2019. x. x.부터 2019. x. x.까지 이 사건 특허 중 특허기간이 만료된 국내 등록 특허(특허번호: KR□□□, 이하 ‘이 사건 국내특허’라 한다)를 제외한 나머지 특허에 대한 사용료로 원고에게 합계 xxx,xxx,xxx 원을 지급하면서 법인세 합계 xxx,xxx,xxx 원을 원천징수하여 피고에게 납부하였다.

마. 원고는 SSS가 원고에게 지급한 특허 사용료 중 이 사건 국내특허에 관한 부분을 제외한 나머지 부분과 CCC가 원고에게 지급한 특허 사용료는 모두 국내 미등록 특허에 대한 사용대가로 지급된 것으로서 한‧미 조세협약 제6조 제3항에 따라 국내원천 소득에 해당하지 않는다는 이유로, 2020. x . x . 피고에게 SSS가 납부한 법인(원천)세 중 xxx,xxx,xxx 원의 감액경정 및 CCC가 납부한 법인(원천)세 xxx,xxx,xxx 원의 감액 경정을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. x. x. 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이에 불복하여 2021. x. x. 조세심판원에 심판청구를 한 후 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 대한 판단 1)

가. 피고의 주장

SSS가 지급하여 피고에게 신고한 사용료 합계액은 1,138,261,952원, 법인세액 합계액은 170,739,260원이다. SSS가 원고에게 지급하였다는 2018. 8. 3.자 사용료 소득136,424,874원 및 이에 따른 법인세액 20,463,730원은 SSS가 AAAA에게 지급하였다는 지급명세서만이 확인될 뿐이므로, 원고의 이 부분 경정청구는 허용될 수 없다.

나. 판단

1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제4항 제3호, 제1항에 의하면, 구 법인세법 제93조제1호 ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내원천소득이 있는 자(원천징수대상자)는 원천징수의무자가 원천징수한 법인세를 납부하고 구 법인세법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다

2) 갑 제1, 5, 11호증, 을 제1, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 계약에서 SSS는 순 매출액에 해당 매출액의 규모에 따라 차등을 둔 요율을 적용한 사용료를 지급하기로 하면서 순 매출액의 1%는 AAAA에게 지급하고, 나머지는 EEE(원고)에게 지급하기로 약정한 사실, SSS가 피고에게 제출한 원천징수이행상황신고서에 의하면, SSS는 2018년 8월에 합계 227,374,793원을 사용료로 지급하고, 법인세 34,106,210원을 원천징수하였다고 신고하였고, 피고의 수납내역조회에 의하여도 위 법인세액을 납부한 사실이 확인되며, SSS가 제출한 지급명세서에 의하면 소득자가 모두 AAAA로 기재된 사실, 피고가 발행한 ‘비거주자 등의 국내원천소득에 대한 법인세납세사실 증명서’에 의하면 SSS는 2018. 8. 3. AAAA에게 90,949,919원을 사용료로 지급하고, 이에 대한 법인세 13,642,480원을 납부한 사실, SSS가 원고에게 발행한 원천징수영수증에 의하면 SSS는 2018. 8. 3. 원고에게 미화 121,525.81달러의 소득료를 지급하고, 미화 20,051.76달러의 법인세를 원천징수한다는 취지의 영수증을 발행하여 준 사실이 각 인정이 된다.

다) 위 인정사실에 의하면, SSS가 2018년 8월에 피고에게 신고․납부한 227,374,793원의 사용료 소득 합계액, 34,106,210원의 법인세 합계액 중 AAAA에게 지급한 사용료는 90,949,919원, 이에 따른 원천징수 법인세액은 13,642,480원에 불과하고, 그 차액에 해당하는 사용료 136,424,874원(= 227,374,793원 – 90,949,919원)는 SSS가 원고에게 지급하면서 이에 대한 법인세 20,463,730원(= 34,106,210원 – 13,642,480원)을 원천징수하여 피고에게 납부하였으면서도 피고에게는 이를 AAAA로부터 원천징수하였다는 취지의 지급명세서를 제출하였다고 봄이 타당하다.

라) 살피건대, ① 원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세의 원칙에 따라 국내원천소득의 실질귀속자를 기준으로 해당 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있으므로, 소득의 실질귀속자는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 , 제4항 제3호에 따라 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다고 보아야 하는 점(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결 등 참조), ② 원고는 SSS로부터 2018. 8. 3.자 사용료 소득에 대한 원천징수영수증을 발급받았으므로 특별한 사정이 없는 한 그와 같이 원천징수세액이 납부될 것임을 예측할 수 있었고, 실제로 그와 같이 원천징수세액이 납부된 점, ③ 피고에게 2018. 8. 3.자 법인세액 20,463,730원에 관한 지급명세서는 제출되었고 다만 그 명의가 잘못 기재된 것에 불과한 데, 이는 원고의 과실로 보기도 어려운 점, ④ 만일 원고의 이 부분 경정청구가 허용되지 않는다고 본다면, 원고는 지급명세서에 관한 정정 절차를 거친 뒤에야 다시 경정청구를 제기해야 하는 결과가 되어 오히려 원고에게 불필요한 부담을 지우게 되고, 불안정한 법률관계가 계속되는 점 등을 종합해 보면, 비록 2018. 8. 3.자 사용료 소득 136,424,874원에 대한 법인세액 20,463,730원의 지급명세서가 원고 명의로 제출되지 않았다고 하더라도 원고의 경정청구가 부적법하다고 볼 수 없다.

마) 따라서 원고의 이 부분 경정청구가 부적법함을 전제로 하는 피고의 본안전 항

변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고의 주장

한‧미 조세협약에 따라 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가로 지급받은 사용료(이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)는 원천징수대상인 외국법인의 국내 원천소득에 해당하지 않는다고 대법원은 일관되게 판시하여 오고 있고 한‧미 조세협약을 달리 해석할 근거 또한 없으므로, 그 감액경정을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 한·미 조세협약 제6조 제3항은 제14조 제4항에서 규정하는 특허권 사용료의 국내원천소득 여부를 ‘사용지주의’를 기준으로 결정한다고 규정하면서도, ‘사용’의 의미에 대하여는 구체적으로 규정하고 있지 않다. 따라서 한·미 조세협약 제2조 제2항에 따라 ‘사용’의 의미는 사용료 소득에 대한 조세가 결정되는 국내법에 따라 해석하여야 한다. 그런데 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 단서 후문은 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 보아 그 사용료 상당을 외국법인의 국내원천소득으로 본다고 규정하고 있으므로, 원고가 지급받은 이 사건 사용료는국내원천소득에 해당한다.

나) 종래 대법원 판례는 ‘외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다’는 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제28조 및 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 근거한 것인데, 구 국제조세조정법이 2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되면서 제28조의 규정이 삭제되어 2019. 1. 1.부터 시행되었으므로, 외국법인의 국내원천소득 해당 여부는 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문에 따라 결정되어야 한다. 따라서 원고가 받은 이 사건 사용료 중 적어도 2019. 1. 1. 이후의 것은 국내원천소득에 해당한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 계약은 원고가 소유하고 있는 이 사건 특허 중 미국 특허 제□□호, 제□□호, 제□□호, 제□□호, 제□□호, 제□□호 및 위 특허에 상응하는 기타 국가 내 권리 및 전술한 특허의 재발행 또는 재심사에 관한 권리를 그 목적으로 한다(이 사건 계약서 1.1.).

2) 이 사건 계약에 따르면, SSS는 이 사건 특허를 사용하여 제조한 라이선스 제품에 관한 순 매출액에 해당 매출액의 규모에 따라 차등을 둔 요율을 적용하여 산정한 경상로열티를 지급하여야 하는데, 순 매출액의 1%는 AAAA에게 지급하고 나머지는 EEE(원고)에게 지급하여야 하며, 경상로열티가 미화 xx0,000달러에 미달하는 경우 최저 로열티인 xx0,000달러를 모두 AAAA에게 지급하여야 한다(이 사건 계약서 3.1., 3.2.).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 이 사건 처분의 적법 여부

1) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 구 국제조세조정법 제28조 는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조 에도 불구하고 조세협약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한·미 조세협약의 문맥과 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한·미 조세협약의 해 석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 참조).

2) 대한민국이 가입한 조약법에 관한 비엔나 협약 제31조는, 조약은 조약문 문맥 및 조약의 대상과 목적으로 보아, 조약의 문면에 부여되는 통상적 의미에 따라 성실하게 해석되어야 한다(제1항)고 규정하면서, 문맥과 함께 조약의 해석 또는 조약 규정 적용에 관한 당사자국 사이의 추후 합의, 조약 해석에 관한 당사자국 합의를 확정하는 조약 적용에서의 추후 관행, 당사자국 사이의 관계에 적용될 수 있는 국제법 관계규칙이 참작되어야 한다(제3항)고 규정한다.

그런데 이 사건에서 문제되는 특허 사용료 소득과 관련하여 피고 주장과 같이 한·미 조세협약 제6조 제3항을 “특허 등록이 되지 않은 체약국 내에서 그 특허 기술이 사용되어 물품이 제조된 경우에도 특허 등록이 되지 않은 체약국 내에서 해당 특허가 사용된 것으로 보아 그 사용료 소득은 특허 등록이 되지 않은 체약국 내 원천소득에 해당한다.”라고 해석하는 것이 문맥상 불가능한 해석이라고 단정하기는 어렵다.

또한 체약국 중 일방 당사자인 대한민국은 한·미 조세협약 체결 이후 “사용지를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약에서 사용료의 정의에 포함되는 특허권 등과 유사한 재산 또는 권리[특허권 등 등록이 필요한 권리가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법·기술·정보 등이 국내에서의 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다]를 국내에서 사용하는 경우 그 대가로 발생하는 소득“을 ”국내원천 사용료소득“으로 규정하는 내용으로 법인세법제93조 제8호를 개정하여 국내에 등록되지 않은 국외 특허라고 하더라도 그 제조방법 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 그 대가로 지급된 사용료 소득을 국내에서의 사용에 대한 사용료로 보아 국내원천소득으로 본다는 입장을 명백히 하고 있고, 이에 근거하여 피고는 원고에게 이 사건 처분을 하기도 하였다.

이러한 점을 고려하여 볼 때, 만약 한·미 조세협약의 일방 당사자인 미국의 과세당국도 대한민국과 같은 입장에서 미국 내 원천소득을 파악하여 미국 내 미등록 특허기술 등에 대한 사용료에 관하여 대한민국 법인에 조세를 부과하고 있고 미국 법원에서도 이를 지지하는 판결을 선고하고 있다는 등의 사정이 확인된다면, 한·미 조세협약 제6조 제3항의 문맥과 함께 이러한 대한민국과 미국의 입장 및 조세 부과 관행, 국제법상 상호주의 원칙 등을 두루 참작하여 피고 주장과 같이 한·미 조세협약 제6조 제3항을 해석할 여지가 있기는 하다.

그러나 피고가 제출한 자료들만으로는 미국의 과세당국과 법원이 피고 주장과 같은 취지로 한·미 조세협약 제6조 제3항을 해석·적용하고 있음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 자료가 없다.

3) 따라서 구 국제조세조정법 제28조 가 삭제되었는지 여부와 관계없이 이 사건 사용료를 원고의 국내 원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없으므로, 이 사건 사용료는 모두 국내 원천소득에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

마. 취소의 범위에 관한 직권판단

1) 이 사건 계약은 이 사건 특허를 사용하여 제조한 라이선스 제품(배터리)에 관한매출액을 토대로 사용료를 산정하도록 정하였으므로, 원고가 SSS 또는 CCC로부터 사용료를 지급받을 당시 국내 등록 특허 사용료와 이 사건 사용료(국내 미등록 특허 사용료)가 구체적으로 배분되어 있지 않았다. 또한 이 사건 계약 기간 중에 국내외를 불문하고 특허기간이 만료되는 특허가 있었는데, 이 경우에도 국내 등록 특허 사용료와이 사건 사용료(국내 미등록 특허 사용료)의 배분문제가 발생한다. 이들 문제는 곧 정당한 과세표준이 되는 국내 원천소득의 산정에 관한 것이므로, 이하에서는 이 부분에 관하여 살펴보기로 한다.

2) 감액경정청구를 받은 과세관청은 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사‧확인할 의무가 있다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261판결 등 참조). 따라서 원고가 지급받은 사용료 중 이 사건 사용료를 제외한 이 사건 국내특허에 대한 사용료, 나아가 이 사건 국내특허의 특허기간이 만료되어 소멸한 이후에 발생한 사용료가 국내원천소득에 해당한다는 점에 대하여는 원칙적으로 피고에게 증명책임이 있다고 보아야 한다.

3) 그런데 정당한 과세표준에 해당하는 ‘이 사건 국내특허에 대한 사용료에 해당하는 부분의 액수’는 이 사건 계약상 특정되어 있지 않고, 달리 이를 확인할 자료가 없다. 또한 이 사건 계약에서 이 사건 특허의 사용료를 매출액에 비례하여 산정하도록 정하였더라도, 사후적으로 이 사건 특허가 판매에 사용됨에 따라 발생한 국가별 매출액수를 분류한 뒤 ‘이 사건 국내특허에 대한 사용료에 해당하는 부분의 액수’를 특정하는 것은 이 사건 계약에서 포괄적으로 사용료를 정한 당사자들의 의사가 왜곡될 우려가 있다. 뿐만 아니라 특허권의 속지주의에 더하여 이 사건 특허 사이의 동일성이 구체적으로 확인되지 않는 이상 이 사건 국내특허와 미국 특허 제□□호, 제□□호가 패밀리 관계에 있다고 하더라도 이 사건 계약에서 위 미국 특허들에 대한 사용료가 포함되어 있지 않다고 보기도 어렵다.

따라서 피고가 제출한 자료 및 증거들만으로는 이 사건 국내특허의 사용료를 특정하기 부족하므로 원칙적으로 이 사건 처분을 전부 취소할 수밖에 없다.

4) 다만, 원고는 정당한 과세표준 산정과 관련하여 스스로 이 사건 계약의 대상인 이 사건 특허(11개) 중 이 사건 국내특허(1개)의 비율을 기준으로 삼아 산정하면서 특허 기간이 만료되는 경우 그 만료된 것을 제외하고 남은 특허의 개수를 토대로 안분하여 이 사건 국내특허 사용료를 산정하는 방법으로 이 사건 국내특허 사용료 소득을 아래 표 ‘국내 특허분’란 기재와 같이 합계 xxx,xxx,xxx 원으로 산정하였고, 그 15%에 해당하는 xx,xxx,xxx 원(= xxx,xxx,xxx 원 × 15%, 원 미만 반올림)을 스스로 정당세액으로 인정하고 있다.

5) 그렇다면, 원고가 정당세액으로 자인하고 있는 위 xx,xxx,xxx 원을 초과하는 부분, 즉 이 사건 처분 중 위 표의 ‘국외 특허분’란 기재 부분의 사용료(합계 x, xxx,xxx,xxx 원)에 대한 법인(원천)세 부분에 해당하는 별지 1 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 금액(합계 xxx,xxx,xxx 원) = 별지 1 ‘최초 신고세액’란 기재 합계 xxx,xxx,xxx 원 – 원고가 자인하는 정당세액 xx,xxx,xxx 원) 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 피고는 본안전 항변이라고 명시적으로 주장하고 있지는 않으나, 그 주장의 금액만큼은 경정청구 요건을 갖추지 못하였다고 하므로, 이를 본안전 항변으로 보고 판단하기로 한다.