종부세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 주택에 따른 재산세 비과세 특례는 건축물인 주택 건물 부분에 한하여 적용되어야 하는 것이고, 주택의 부속토지인 이 사건 부속토지 부분은 특별한 사정이 없는 한 여전히 구 종합부동산세법 제7조 제1항에 의한 종부세 과세대상이 된다고 봄이 타당함

이 사건 주택의 건물 부분이 구 도시정비법에 의하여 시행되는 재개발사업의 목적 달성을 위해 당연히 철거가 예정된 것으로서, 종합부동산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 재산세 비과세대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 구 지방세법 제109조 제3항 제5호, 구 지방세법 시행령 제108조 제3항에 따른 비과세 특례는 건축물인 주택 건물 부분에 한하여 적용되어야 하는 것이고, 주택의 부속토지인 이 사건 부속토지 부분은 특별한 사정이 없는 한 여전히 구 종합부동산세법 제7조 제1항에 의한 종합부동산세 과세대상이 된다고 봄이 타당함

사 건

서울고등법원-2023-누-55483 종합부동산세등 부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 7. 5.

판 결 선 고

2024. 8. 23.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 20**. **. **. 원고에게 한 20**년 귀속 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 xxx ,xxx,xxx원을 초과하는 부분 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 xxx,xxx,xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 원고가 xx%, 피고가 xx%를 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 20**. **. **. 원고에게 한 20**년 귀속 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원, 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 20**. **. **. 원고에게 한 20**년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원의 각 부과처분을 취소한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는, 제1심판결의 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제2쪽 제10~16행 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『나. 원고는 이 사건 사업에 관하여 서울특별시 구청장(이하 ‘xx구청장’이라 한다)으로 부터 2015. 8. 13.경 사업시행계획인가를 받았고, 2018. 3. 12.경 관리처분계획인가를 받았으며, 2018. 5. 24.경 사업시행계획변경인가를 거쳐 2019. 5. 7. 관리처분계획변경인가를 받았다.

다. 원고는 이 사건 정비구역 내 주택 및 토지 중 아파트 분양을 원하지 않는 조합원들의 주택 xxx 호(건물 xx,xxx.xx㎡, 토지 xx,xxx.xx㎡, 이하 통틀어 ‘이 사건 주택’이라 하고, 그 중 이 사건 주택의 건물 부분을 제외한 이 사건 주택의 부속토지만을 특정할 때에는 ‘이 사건 부속 토지’라 한다)와 토지 xx필지(x,xxx.xx㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 주택과 합하여‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 현금청산 절차를 거쳐 각 그 소유권을 취득하였다.』

○ 제1심판결문 제2쪽 제17행의 “원고에게” 다음에 “구 종합부동산세법(2020. 6. 9.법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 등에 의하여”를 추가한다.

2. 원고의 주장 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 이 사건 주택은 과세기준일 이전에 이미 철거보상계약이 이루어진 주택으로서, 일부 주택을 제외하고는 대부분 단전ㆍ단수가 되어 이주가 완료된 상태였으며, 이후 모든 주택이 철거되어 멸실 되었다.

이처럼 이 사건 주택은 철거 예정인 주택으로서 재산적 가치가 없을 뿐만 아니라 구 지방세법 (2020. 12. 29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제109조 제3항 제5호 및 구 지방세법 시행령(2020. 12. 31. 대통령령 제31343호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제108조 제3항에서 정한 ‘철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택’으로서 재산세 및 종합부동산세 비과세대상에 해당한다.

나. 이 사건 토지는 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항 제3호에서 정한 ‘도시 및 주거환경정비법에 따른 사업시행자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지‘에 해당하므로, 종합부동산세 부과대상이 되지 않는다.

다. 설령 이 사건 부동산이 종합부동산세 부과대상에 해당한다 하더라도, 원고와 같은 정비사업조합 (이하 ’조합‘이라 한다)이 사업목적으로 취득한 재산은 조합이 조합원을 위해 소유하고 있는 것이므로 조합원과 조합 사이에는 당연히 해당 부분 신탁계약이 체결된 것으로 보아야 하고, 신탁된 재산은 위탁자별로 분리과세 하여야 한다.

따라서 이 사건 부동산 역시 조합인 원고가 그 조합원들로부터 신탁받은 재산에 해당하므로, 피고는 그 신탁재산을 위탁자인 조합원별로 구분하여 공시가격을 합산하는 방법으로 종합부동산세 과세표준을 산정하여야 하고, 이 경우 6억 원 미만이면 종합부동산세 과세대상이 아니다.

그럼에도 피고는 위탁자별로 구분하지 않고 이 사건 부동산의 공시가격을 단순 합산하여 종합 부동산세의 과세표준과 세액을 산정하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 해당 부분(제4쪽 제15행부터 제5쪽 제10행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사 소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제4쪽 제16~17행의 “현금청산자들” 부분을 “현금청산대상자들”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제4쪽 제20행의 “종합소득세” 부분을 “종합부동산세”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제5쪽 제6행의 “2021. 5. 14.” 부분을 “2021. 5. 14. 내지 같은 달 17. 경으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제5쪽 제7행의 “2022. 2. 22.경” 부분을 “2022. 3. 7.경부터 같은 해 4. 25. 경까지 사이에”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제5쪽 제9행을 삭제한다.

○ 제1심판결문 제5쪽 제10행의 “을 제x, x, xx호증”부분을 “을 제x, x, xx, xx호증”으로 고쳐쓴다.

나. 이 사건 주택의 건물 부분이 종합부동산세 과세대상에 해당하는지 여부

1) 관련 법리 및 관련 규정

가) 구 도시 및 주거환경정비법(2021. 1. 5. 법률 제17872호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 도시 정비법’이라 한다)에 의한 재개발사업은 정비기반시설이 열악하고 노후ㆍ불량건축물이 밀집한 지역에서 주거환경을 개선하거나 상업지역ㆍ공업지역 등에서 도시기능의 회복 및 상권활성화 등을 목적으로 도시환경을 개선하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 사업이다[제2조제2호 (나)목].

구 도시정비법 제25조 제1항 제1호 에 따라 조합이 그 사업시행자가 되는 경우에는 토지 등 소유자가 조합원이 되어 자신의 종전자산을 출자하며, 공사비 등을 투입하여 기존 주택 등을 철거하고 신 주택을 건축한 다음, 신 주택 중 일부는 조합원에게 배분하고 나머지는 일반분양을 하여 수입을 얻는다. 정비사업을 시행하여 얻은 총수입과 총비용은 정산하여 그 손익을 조합원의 종전자산 출자비율대로 분배하며, 통상 조합과 조합원 사이에서 종전자산과 종후자산의 차액을 청산금으로 수수하여 정산 한다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2016다51170 판결 등 참조).

따라서 정비구역 내의 토지 전부는 종전자산으로 제공되어야 하므로, 사업시행자로서는 원칙적 으로 정비구역 내의 토지 등에 관한 소유권을 확보하여야 하고, 현금청산대상자들이 소유하던 종전 주택 등은 그 사업을 위해 철거가 이루어지게 된다.

나) 한편 종전의 토지 또는 건축물의 소유자 등 권리자는 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 구 도시정비법 제86조 에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익 할 수 없고, 사업시행자는 관리처분계획인가를 받은 후 기존의 건축물을 철거하게 된다(구 도시정비법 제81조 제1항, 제2항). 사업시행자는 관리처분계획이 인가ㆍ고시된 다음 날부터 90일 이내에 분양 신청을 하지 아니한 자나 분양신청기간 종료 이전에 분양신청을 철회한 자 등과 토지, 건축물 또는 그 밖의 권리의 손실보상에 관한 협의를 하여야 하고(구 도시정비법 제73조 제1항 ), 그 협의가 성립 되었을 때에는 그 소유자 등과 계약을 체결하여야 한다[공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다) 제17조].

다) 그런데 만일 그와 같은 협의가 성립되지 아니한 경우, 사업시행자는 공익사업을 위하여 토지 등을 수용함으로써 그 재산권을 강제적으로 취득할 수 있다(구 도시정비법 제63조 , 토지보상법 제19조 제1항 및 대법원 2016. 12. 15. 선고 2015두51309 판결 등 참조).

구 도시정비법 제65조 는 제1항에서 “정비구역에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용은 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 토지보상법을 준용한다.”고 규정하고, 제2항에서 “제1항에 따라 토지보상법을 준용하는 경우 사업시행계획인가 고시가 있은 때에는 같은 법 제20조 제1항 및 제22조 제1항에 따른 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.”고 규정하고 있다.

토지보상법 제20조 제1항 , 제22조 제3항은 사업시행자가 토지 등을 수용하거나 사용하려면 국토 교통부장관의 사업인정을 받아야 하고, 사업인정은 고시한 날부터 효력이 발생한다고 규정하고 있다. 이러한 사업인정은 수용권을 설정해 주는 행정처분으로서, 이에 따라 수용할 목적물의 범위가 확정 되고, 수용권자가 목적물에 대한 현재 및 장래의 권리자에게 대항할 수 있는 공법상 권한이 생긴다 (대법원 2019. 12. 12. 선고 2019두47629 판결 등 참조).

라) 사업시행자는 특별한 경우를 제외하고는 수용의 개시일(토지수용위원회가 재결로써 결정한 수용을 시작하는 날)까지 보상금을 지급하거나 이를 공탁하여야 하고( 토지보상법 제40조 ), 사업 시행자가 수용의 개시일까지 관할 토지수용위원회가 재결한 보상금을 지급하거나 공탁하지 아니 하였을 때에는 해당 토지수용위원회의 재결은 효력을 상실하며( 토지보상법 제42조 제1항 ),토지 소유자나 그 토지에 있는 물건에 관한 권리를 가진 자는 수용의 개시일까지 그 토지나 물건을 사업 시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다( 토지보상법 제43조 ).

나아가, 사업시행자는 수용되는 건축물 등 토지에 정착한 물건에 대하여는 이전에 필요한 비용으로 보상하되, 이전이 어렵거나 이전으로 건축물 등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우 또는 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우 등에는 당해 물건가격으로 보상하여야 한다( 토지보상법 제75조 제1항 ).

마) 토지보상법상 수용은 일정한 요건 하에 그 소유권을 사업시행자에게 귀속시키는 행정처분으로서 이로 인한 효과는 소유자가 누구인지와 무관하게 사업시행자가 그 소유권을 취득하게 하는 원시 취득이다.

반면, 토지보상법상 ‘협의취득’의 성격은 사법상 매매계약이므로(대법원 2022. 7.14. 선고 2017다242232 판결 등 참조) 그 이행으로 인한 사업시행자의 소유권 취득도 승계취득이다(대법원 2012. 2. 23. 선고 2010다96164 판결 등 참조).

그런데 토지보상법 제29조 제3항 에 따른 신청이 수리됨으로써 협의 성립의 확인이 있었던 것으로 간주되면, 토지보상법 제29조 제4항 에 따라 그에 관한 재결이 있었던 것으로 재차 의제되고, 그에 따라 사업시행자는 사법상 매매의 효력만을 갖는 협의취득과는 달리 그 확인대상 토지를 수용재결의 경우와 동일하게 원시취득하는 효과를 누리게 된다(대법원 2018. 12. 13. 선고 2016두51719 판결 등 참조).

바) 구 지방세법 제109조 제3항 은 “다음 각 호에 따른 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니 한다.”고 규정하면서, 제5호에 “행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택( ｢건축법｣ 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물 부분으로 한정 한다)으로서 대통령령으로 정하는 것”이라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령 제108조 제3항은 “법 제109조 제3항 제5호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 재산세를 부과 하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거 명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택( ｢건축법｣ 제2조 제1항 제2호 에 따른 건축물 부분으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)을 말한다.”고 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

관련 법리 및 관련 규정의 문언 내용에 더하여 앞서 든 증거들, 을 제x, x, xx호증, 을 제xx호증의 x 내지 x의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 구 도시정비법에 의하여 시행되는 재개발사업인 이 사건 사업에서 조합인 원고가 현금청산대상자 들이 소유하던 이 사건 주택을 협의 또는 수용으로 취득하는 경우 그 주택의 건물(건축물) 부분은 사업의 목적 달성을 위해 당연히 철거가 예정된 것으로서, 재산세를 부과하는 해당 연도인 2020년에 철거하기로 계획이 확정되어 종합부동산세 과세기준일 당시 철거보상계약이 체결된 재산세 비과세 대상(구 지방세법 제109조 제3항 제5호 , 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 )에 해당한다고 할 것이다.

따라서 이 사건 주택의 건물(건축물) 부분(이하 ‘이 사건 주택의 건물’ 내지 ‘이 사건 주택의 건축물’부분이라는 표현과 같은 방식으로 그 부속토지 부분을 제외한 주택의‘건물’내지‘건축물 ’ 부분을 문단의 내용에 따라 교대로 사용하기로 한다)은 구 종합부동산세법 제7조 제1항 에서 정한 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다.

가) (1) 관련 법리 등에 의하면, 원고가 현금청산대상자들에게 이 사건 주택의 소유권을 취득하기 위하여 지급한 금원에는 이 사건 주택의 취득 후 예정된 철거에 대한 보상의 성격도 포함되어 있다고 볼 수 있고, 또한 철거보상계약은 명시적으로 뿐만 아니라 묵시적으로 이루어질 수 있다고 할 것이며, 반드시 협의취득으로서의 사법상 매매계약이 체결되는 경우로만 한정된다고 볼 수는 없다.

따라서 구 도시정비법 제65조 제1항 , 제2항에 따라 준용되는 토지보상법 제20조 에서 정한 사업 인정 후 같은 법 제26조, 제29조에 따라 사업시행자와 토지소유자 등간에 협의가 성립되어 관할 토지수용위원회로부터의 그 성립의 확인으로 재결로 간주된 것을 비롯하여 재결에 따른 수용의 경우 에는 사업시행자가 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 원시취득하는 점 등에 비추어 볼 때, 수용의 경우에도 특별한 사정이 없는 한 위와 같이 수용보상금이 관련 법령에 따라 지급 내지 공탁 된 경우에는 위와같은 철거보상계약이 적어도 묵시적으로라도 체결된 것으로 봄이 상당하다.

그런데 원고는 과세기준일인 2020. 6. 1. 이전으로서 이 사건 재결에서 정한 수용의 개시일 이전에 현금청산대상자들에게 이 사건 주택에 대한 수용보상금의 지급을 모두 완료하고 이 사건 주택에 대한 소유권을 원시취득하였으므로, 이 사건 주택의 건물부분은 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에서 정한‘재산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택’에 해당한다고 봄이 타당하다.

(2) 이에 대하여 피고는, 철거명령 또는 철거보상계약의 주체가 행정관청이거나 적어도 행정관청의 지위를 의제받는 것으로 볼 수 있는 경우에만 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에서 정한 재산세 비과세대상에 해당하는데, 원고는 행정관청 내지 그러한 행정관청의 지위를 의제받는 자에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

(가) 그러나 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 은 “재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 ’행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 철거보상계약 이 체결된‘ 건축물 또는 주택”이라고 규정하고 있는바, ① ’행정관청으로부터 철거명령을 받았거나 ‘ 라는 문구에서 철거명령의 주체는 행정관청이라고 할 것이지만, ② ’철거보상계약이 체결된‘ 이라는 문구와 관련하여서는 피고의 주장처럼 ’행정관청으로부터 철거보상계약이 체결된‘이라고 해석하여 ’행정관청‘만이 그 주체라고 보는 것은 그 문맥과 문언의 통상적인 의미에 비추어 상당히 부자연스럽고(이는 행정관청 옆에 괄호로 ’행정관청의 지위를 의제받는 자를 포함한다‘라고 덧붙이더라도 마찬가지라고 할 것이다), 오히려 ’○○○와(과) 철거보상계약이 체결된‘이라고 규정하여야 좀 더 명확하게 될 수 있다고 볼 여지가 있으나 입법자가 그 주체를 위와 같이 한정하여 규정하는 것은 적절하지 않다고 보아 위 ’○○○와(과)‘를 생략하였다고 해석하는 것이 더욱 자연 스럽다고 할 것이고, 이럴 경우 그 계약의 주체인 위 ’○○○‘를 반드시 ’행정관청‘ 내지 ’행정 관청의 지위를 의제받는 자‘이어야만 한다고 해석할 수는 없다고 할 것이며, 이렇게 해석하는 것이 그 철거보상계약의 주체를 굳이 피고의 주장과 같이 한정하여야 할 합리적인 이유도 찾아보기 어려운 점에 비추어 합목적적인 해석에 해당한다고 할 것이다.

(나) 또한 위 규정에서는 ’재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정‘될 것을 요구 하고 있으므로, 그 범위를 상당히 제한하고 있을 뿐만 아니라, 종합부동산세법 시행령이 2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되어 종합부동산세 과세표준합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함 되지 않는 주택에 관한 제4조 제1항에 제21호가 신설되었고, 그중 (나)목에서는 ‘도시 및 주거 환경정비법 제24조부터 제28조까지의 규정에 따른 사업시행자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택’을 명시하였는바, 이러한 사정까지 고려하여 볼 때, 위 (가)항과 같이 해석하더라도, 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다.

(다) 나아가, 설령 피고의 주장과 같이 ‘행정관청 내지 그러한 행정관청의 지위를 의제받는 자’만이 철거보상계약의 주체가 되는 경우에만 위 비과세대상에 해당한다고 가정하더라도, 다음과 같은 점에서 원고는 행정주체 내지 그와 유사한 지위에서 위와 같은 철거보상계약을 체결하였다고 볼 수 있다.

① 재개발조합은 조합원에 대한 법률관계에서 적어도 특수한 존립목적을 부여받은 특수한 행정주체 로서 국가의 감독 하에 그 존립 목적인 특정한 공공사무를 행하고 있다고 볼 수 있는 범위 내에서는 공법상의 권리의무 관계에 서 있다(대법원 1996.2. 15. 선고 94다31235 전원합의체 판결 등 참조).

② 원고는 이 사건 사업에 관하여 사업시행계획인가 고시(2015. 8. 13.경)가 있을 때 토지보상법 제20조 제1항의 사업인정을 받고 이에 따른 고시가 이루어진 것이므로, 이러한 사업인정은 수용권을 설정해 주는 행정처분으로서, 이에 따라 수용할 목적물의 범위가 확정되고, 수용권자가 목적물에 대한 현재 및 장래의 권리자에게 대항할 수 있는 공법상 권한이 생겼다고 할 것인바(대법원 2018. 7. 26. 선고 2017두33978 판결, 위 대법원 2019두47629 판결 등 참조), 사업시행자인 원고에게는 공익사업을 위하여 토지 등을 수용함으로써 그 재산권을 강제적으로 취득할 수 있는 수용권 등 공법상 권한을 행사할 수 있는 법적 지위가 있다고 할 것이다.

③ 원고가 이 사건 사업시행계획인가 고시(2015. 8. 13.경) 후에 위와 같은 철거보상계약을 체결 하였는데, 만일 그 후에 그 보상금 액수에 대해 분쟁이 생긴 경우에는, 그 상대방 당사자로서 조합원 이었던 현금청산대상자들은 원고를 상대로 행정소송 중 공법상 당사자소송을 통해 다툴 수 있다고 보아야 할 것인바( 토지보상법 제85조 제2항 , 행정소송법 제3조 제2호 ), 이 점에서도 원고는 위와 같은 철거보상계약 체결 당시 행정주체 내지 그와 유사한 지위에 있었고, 이러한 법적 지위에서 위와 같은 철거보상계약을 체결하였다고 볼 수 있다.

④ 을 제xx호증의 기재에 의하면, xx도시공사, xx철도공사, xxxx도시공사 등이 철거보상 계약 체결의 주체인 경우 건축물 부분에 한하여 비과세 규정을 적용하는 코드가 적용된 사례들을 확인 할 수 있는바, 원고가 체결한 철거보상계약과 위 xx도시공사 등이 체결한 철거보상계약에 있어 그 각 계약 주체(원고 및 위 xx도시공사 등)가 공법상 권한을 행사할 수 있는 지위에서 체결 한 것일 뿐만 아니라 공익사업을 위한 행위인 점 등이 거의 유사하다고 할 것이다.

(라) 따라서 이와 다른 전제 하에 있는 피고의 위 주장은 어느 모로 보나 받아들이기 어렵다.

나) 이 사건 주택은 기존 주택 등을 철거한 후 정비구역 내 토지에 신 주택을 건축하여 그중 일부는 조합원에게 배분하고 나머지는 일반분양을 한다는 재개발사업으로서의 목적 달성을 위해 취득한 것이므로, 이 사건 처분의 과세기준일 당시 외형상으로는 주택법 제2조 제1호 에서 말하는 ‘독립된 주거 생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물’에 해당하는 상태였다고 하더라도 주거목적 으로 사용될 가능성이 전혀 없고, 이전의 재산적 가치가 그대로 유지되고 있었다고 보기도 어렵다.

다) 실제로 이 사건 처분의 과세기준일인 2020. 6. 1. 기준으로 이 사건 주택 중 상당수가 단전․단수 된 상태였고, 거주자들도 퇴거한 상태였다. 또한 앞서 본 바와 같이 원고는 과세기준일인 2020. 6. 1. 이전으로서, 수용의 개시일인 2019. 6. 14., 2019. 11. 15., 2020. 4. 17.까지 순차적으로 현금 청산대상자들에게 이 사건 주택에 대한 수용보상금의 지급을 모두 완료하고 이에 대한 소유권 이전 등기를 마쳤다. xx구청장의 이 사건 사업에 대한 관리처분계획변경인가 고시(2019. 5. 9.)에 의하면 이미 2020. 3.부터 그 철거가 시작되었어야 할 것인데, 그 다음 해인 2021. 4. 14.에 이르러서야 건축물해체신고를 하였던 것은 재개발사업인 이 사건 사업의 특성상 이사건 주택 중 일부의 이주가 지연되어 2021. 4. 6.경 완료되었기 때문으로 보일 뿐이고 다른 사정의 변경이 있었던 것은 아니라고 보인다.

따라서 위와 같은 관리처분계획변경인가에서 정한 이 사건 주택에 대한 철거년도가 2020년일 뿐만 아니라, 최종 수용의 개시일도 2020. 4. 17.이므로, 2020년에는 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에서 정한‘재산세를 부과하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정’된 경우에 해당한다고 할 것이다.

라) 종합부동산세는 고액의 부동산 보유자에 대하여 과세를 함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하며 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다(구 종합부동산세법 제1조 ).

그런데 조합이 재개발사업을 이행하기 위해 현금청산대상자에게 보상을 완료하고 협의취득 또는 수용으로 취득한 주택으로서 이미 철거하기로 계획이 확정되어 있는 주택의 건축물 부분의 경우, 부의 편중현상을 완화함으로서 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종합 부동산세의 입법목적과는 그다지 관계가 없고, 고액의 부동산 보유자에 대하여 과세를 함으로 부동산 가격안정 등의 적극적인 목적을 추구한다는 종합부동산세의 유도적ㆍ형성적 기능과도 거리가 멀다.

나아가 이미 철거하기로 계획이 확정되어 철거보상계약이 이루어진 주택의 건축물 부분에 대해서 까지 종합부동산세를 부과하는 것이 담세능력에 상응하는 과세라고 보기도 어렵다.

마) (1) 한편 앞서 본 바와 같이, 종합부동산세법 시행령이 2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되어 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 않는 주택에 관한 제4조 제1항에 제21호가 신설되었고, 그중 (나)목에서는 ‘ 도시 및 주거환경정비법 제24조 부터 제28조까지의 규정에 따른 사업시행자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택’을 명시하였다.

이와 같이 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제21호 가 신설된 것은, 재개발사업 등 도시정비법에 따른 재개발사업 등 정비사업에서 사업시행자가 주택의 신축을 위해 멸실시킬 목적으로 기존 주택을 취득한 경우, 그 주택을 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함하는 것은 적절하지 않다는 입장에서, 종합부동산세의 과세대상 제외 범위를 더욱 명확히 하려는 데에 그 입법 취지가 있다고 보인다.

(2) 이에 대하여 피고는, 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제21호 가 신설되면서 당시 이를 소급적용한다는 취지의 규정은 두지 않았음에도 이를 과세기준일인 2020. 6.1. 당시로 소급하여 적용하는 것은 위법ㆍ부당하다는 취지로 주장한다.

2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정된 종합부동산세법 시행령 부칙 제1조는 ”이 영은 공포한 날부터 시행한다.“고 규정하고, 제2조는 ”이 영은 이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.“고 규정하고 있으나, 위 (1)항에서 설시한 내용은 위와 같이 신설된 위 규정이 이 사건에 직접 적용되어 그 효과로써 이 사건 주택의 건물 부분이 종합부동산세 과세대상에서 배제된다는 의미가 아니라, 위와 같이 개정된 취지에 비추어 보더라도 정비사업의 시행자인 원고가 주택의 신축을 위해 철거할 목적으로 취득한 이 사건 주택의 건물 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시키는 것은 적절하지 않다는 의미일 뿐이므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

바) 원고가 이 사건 부동산에 대하여 부과된 재산세에 관하여 별도로 불복하지 않고 이를 모두 납부한 사실은 인정된다.

그러나 종합부동산세는 과세기준일을 지방세법에 규정된 재산세의 과세기준일로, 납세의무자를 과세기준일 현재 주택분 재산세 및 토지분 재산세의 납세의무자로 각기 정하고 있는 등 그 과세 요건에서 지방세인 재산세와 공통되는 측면이 있기는 하지만, 국세로서 국세기본법이 우선하여 적용 되는 이상 종합부동산세의 과세표준과 세율 및 감면 여부를 적용함에 있어서는 그 납세의무자들 사이에 과세의 형평이 이루어져야 하는 점(대법원 2016. 12. 29. 선고 2010두3138 판결 등 참조), 종합부동산세는 지방세인 재산세의 부가세가 아니라 엄연한 국세인 독립세로서 그 부과주체, 부과 요건, 부과절차 등이 서로 다른 별개의 조세인 점 등을 종합하여 볼 때, 원고가 이 사건 부동산에 대한 재산세 부과처분에 대하여 아무런 불복을 하지 아니하였고 피고가 이러한 과세자료를 근거로 이 사건 처분을 하였다 하더라도, 이러한 사정만으로 원고가 이 사건 처분의 효력을 다툴 수 없다거나 위 재산세 부과처분이 이 사건 처분의 효력에 영향을 미친다고 볼 수는 없다.

다. 이 사건 부속토지 부분이 종합부동산세 과세대상에 해당하는지 여부

1) 피고의 주장 요지

피고는 이 법원에 이르러 위 나.항에서의 판단과 같이 이 사건 주택의 건물 부분이 구 지방세법 제109조 제3항 제5호, 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에 따라 종합부동산세 비과세대상에 해당 한다고 하더라도, 비과세 특례는 건축물인 주택 부분(이 사건 주택의 건물 부분)에 한하여 적용 되어야 하는 것이고, 그 주택의 부속토지에 해당하는 이 사건 부속토지 부분은 비과세 특례가 적용 되지 아니하므로 ’주택분 재산세‘ 중 주택 부속토지에 해당하는 공시가액으로 주택분 종합부동산세가 과세되어야 한다는 취지로 예비적 주장을 추가하였다.

2) 판단

앞서 든 증거들, 을 제xx 내지 xx, xx 내지 xx, xx호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리 등에 비추어 보면, 위 나.항에서 판단한 것과 같이 이 사건 주택의 건물 부분이 구 도시정비법에 의하여 시행되는 재개발사업의 목적 달성을 위해 당연히 철거가 예정된 것으로서, 종합부동산세 과세기준일 현재 철거보상계약이 체결된 재산세 비과세대상에 해당하여 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 구 지방세법 제109조 제3항 제5호, 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에 따른 비과세 특례는 건축물인 주택 건물 부분에 한하여 적용되어야 하는 것이고, 주택의 부속토지인 이 사건 부속토지 부분은 특별한 사정이 없는 한 여전히 구 종합부동산세법 제7조 제1항 에 의한 종합부동산세 과세대상이 된다고 봄이 타당하다.

가) 구 지방세법 제109조 제3항 은 “다음 각 호에 따른 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 아니 한다.”고 규정하면서, 제5호에 “행정기관으로부터 철거명령을 받은 건축물 등 재산세를 부과하는 것이 적절하지 아니한 건축물 또는 주택( ｢건축법｣ 제2조 제1항 제2호 에 따른 건̇ 축̇ 물̇ 부̇ 분̇ 으̇ 로 ̇ 한̇ 정̇ 한다) 으로서 대통령령으로 정하는 것”이라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령 제108조 제3항은 “법 제109조 제3항 제5호에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 재산세를 부과 하는 해당 연도에 철거하기로 계획이 확정되어 재산세 과세기준일 현재 행정관청으로부터 철거 명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 또는 주택( ｢건축법｣ 제2조 제1항 제2호 에 따른 건̇ 축̇ 물̇ 부̇ 분̇으̇ 로̇ 한̇ 정̇ 한다. 이하 이 항에서 같다)을 말한다.”고 규정하고 있다.

위와 같은 ‘주택’ 중 비과세되는 부분은 “ 건축법 제2조 제1항 제2호 에 따른 건̇ 축̇물̇ 부̇ 분̇ 으̇ 로̇ 한̇ 정̇ 한다”고 명시적으로 구 지방세법 및 그 시행령에서 각각 규정하고 있는바, 이로써 법령의 문언상으로도 ’주택의 건축물 부분‘과 ’건축물이 아닌 부속토지 부분‘으로 구분하여 비과세의 대상을 전자에 한정하고자 하는 취지를 규정한 것으로 보인다.

나) 구 종합부동산세법에 따르면, 주택에 대한 종합부동산세는 ‘과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자’가 납부할 의무가 있고(제7조 제1항), 토지에 대한 종합부동산세는‘과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자’가 납부할 의무가 있다(제12조제1항). 그리고 구 종합부동산세법 제11조에는 “토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호에 따른 종합합산과세대상(이하‘종합합산과세대상’이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 ‘별도합산과세대상’이라 한다)으로 구분하여 과세 한다.” 고 규정하고 있으며, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 는 “종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세 의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지” 라고 규정하고 있다.

다) (1) 구 종합부동산세법 제2조 제5호 는 ‘주택분 재산세라 함은 지방세법 제105조 및 제107조에 따라 주택에 대하여 부과하는 재산세를 말한다’고 정의하고 있는데, 구 지방세법 제107조 제1항 제2호는 ‘주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우:그 주택에 대한 산출세액을 제4조 제1항 및 제2항에 따른 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산한 부분에 대해서는 그 소유자를 납세의무자로 본다’고 규정하고 있다.

(2) 위 (1)항의 규정과 관련하여, 대법원은 일찍이 “이들 규정의 문언 내용에 아울러 2005. 1. 5. 재산세 개편 및 종합부동산세 도입 이전에는 주택의 건물과 부속토지를 구분하여 각각 재산세와 종합토지세의 과세대상으로 삼았던 점, 주택의 부속토지만을 보유한 소유자도 주택분 재산세의 납세의무가 있는 점(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두23910 판결 참조) 등을 종합하여 보면, 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다를 경우에는 주택의 건물 소유자가 주택분 종합부동산세 납세의무자가 아니라고 하더라도 주택의 부속토지만을 소유한 자는 과세기준금액의 초과 여부에 따라 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 될 수 있다. 그리고 주택분 종합부동산세의 납세의무는 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 과세기준금액을 초과할 때에 성립하므로,

주택의 부속토지만을 여럿 소유한 경우에는 국내에 있는 주택 각각의 공시가격을 건물과 부속 토지의 시가표준액 비율로 안분하여 계산한 부속토지의 가액을 합산한 금액이 과세기준금액을 초과하면 주택분 종합부동산세의 납세의무가 성립하는 것이다”라고 판시하였다(대법원 2013. 2. 28. 선고 2011두27896 판결 참조).

(3) 종합부동산세는 재산세에 기반을 두고 원칙적으로 재산세와 과세대상을 같이하되(다만 건축물 중에서는 과세대상이 주택에 한정된다) 과세기준금액 초과분에 대하여 중과하는 조세인바, 앞서 본 (1), (2)항의 사정을 종합하면, 종합부동산세법은 주택의 부속토지가 사실상 별도로 주택분 재산세 과세대상이 될 경우에는 그 부속토지의 소유자가 주택분 종합부동산세의 납세의무자가 될 수 있음을 규정하고 있는 것으로 봄이 상당하다.

라) (1) 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목은 ‘별도합산과세대상’ 토지로서‘철거ㆍ멸실 된 건축물 또는 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지’를 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 지방세법 시행령 제103조의2 는 위 “대통령령으로 정하는 부속토지”란 ‘과세기준일 현재 건축물 또는 주택이 사실상 철거ㆍ멸실된 날부터 6개월이 지나지 아니한 건축물 또는 주택의 부속 토지를 말한다’고 규정하고 있다.

(2) 위 (1)항 기재 규정 및 위 가), 나), 다)항 기재 각 규정을 체계적으로 종합하여 보면, 기존에 주택을 소유하고 있던 납세의무자는, ① 주택 멸실 전에는 주택 부속토지에 대하여 주택분 재산세 납세의무자가 되고, ② 해당 주택이 멸실된 경우에는 ㉮ 주택멸실 후 6개월까지는 기존 주택 부속 토지에 대하여 토지에 대한 별도합산과세대상 재산세 납세의무자가 되며, ㉯ 주택 멸실 후 6개월이 경과한 후에는 기존 주택 부속토지에 대하여 토지에 대한 종합합산과세대상 재산세 납세의무자가 된다고 해석할 수 있다.

그렇다면, 과세관청이 주택 건물과 부속토지를 합하여 주택분 재산세 및 종합부동산세를 과세 하고 있다고 하더라도, 원칙적으로 납세의무자가 보유하는 주택의 부속토지는 그 주택 건물 부분의 멸실 여부와 무관하게 어느 경우에도 독립적인 과세대상이 된다고 봄이 타당하다.

마) 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에 따라 행정기관으로부터 철거명령을 받거나 철거보상계약 이 체결된 건축물의 비과세 적용 코드 ‘xxxxxxxxxx’ 하에 건축물의 공시가격에 한하여 비과세 대상에 준하여 감면율을 100%로 적용하고, 토지분에 대한 공시가격의 감면율은 0%로 적용한 사례들이 확인 되기도 하는바(을 제xx 내지 xx호증), 실무상 과세관청으로서는 주택의 건물 부분이 비과세대상에 해당한다고 판단될 경우라도 주택의 부속토지 부분에 관하여는 이와 별도로 과세대상으로 보아 과세를 하고 있는 것으로 보인다.

라. 이 사건 토지가 종합부동산세 과세대상에 해당하는지 여부

1) 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목에는 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 “공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”에 해당하는 토지는 별도합산과세대상으로서, 토지에 대한 재산세 과세대상이라고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 구 지방세법 시행령 제101조 제1항 은 “ 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목에서 ‘공장용 건축물의 부속토지 등 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다.”고 규정하면서, 그 제2호에서‘별도합산과세대상 토지의 범위 중 건축물(제1호에 따른 공장용 건축물은 제외한다)의 부속토지’에 관하여 규정하고 있다.

2) 을 제x, xx, xx호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 토지 xx필지를 ‘별도합산과세대상’으로 하여 이 사건 처분을 한 사실, 피고가 당초 이 사건 토지에 관하여 과세한 내역에는 별도합산과세대상인 토지 xx필지만이 포함되고 종합합산과세대상 토지에 관한 내역은 없는 사실, 이 사건 토지에 대한 지방세법령에 따른 실무상 지목코드는 xx(대지)이고, 토지 형태는 코드번호 xxxx(배율이내 건축물부속토지)로서, 주택이 아닌 건축물(이 사건에서는 근린 생활 시설)에 해당하는 사실, 한편 지방세법령에 따른 실무상 토지형태 코드번호 xxxx은 지상정착물이 없는 토지로서 이는 종합합산과세대상인데, 이 사건 토지는 여기에 해당하지 아니한 사실을 인정 할 수 있다.

3) 따라서 이 사건 토지는 근린생활시설인 건축물의 부속토지로서, 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목, 구 종합부동산세법 제12조 제1항 제2호 에서 정한 ‘별도합산 과세대상’에 해당 하므로, 특별한 사정이 없는 한 종합부동산세 과세대상이 된다고 봄이 타당하다.

마. 이 사건 부속토지와 이 사건 토지가 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제3호 에서 정한 과세 특례 대상에 해당하는지 여부

1) 당사자의 주장 요지

가) 원고

설령 이 사건 주택 중 비과세대상에 해당하는 주택의 건축물을 제외한 이 사건 부속토지 부분이 재산세 및 종합부동산세 과세대상이 된다고 보더라도, 이 사건 부속토지는 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목의 ‘철거ㆍ멸실된 주택의 부속토지’에 해당한다. 그렇다면 이 사건 토지는 물론 이 사건 부속토지도 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제3호 에서 정한 과세특례 대상에 해당하므로, 결국 이 사건 부동산은 전부 종합부동산세 과세대상에 해당하지 않는다.

나) 피고

구 지방세법 제109조 제3항 제5호 , 구 지방세법 시행령 제108조 제3항 에 따라 철거보상계약이 체결된 주택의 건축물 부분이 비과세대상에 해당한다고 판단하는 경우에도 그 주택의 부속토지는 여전히 재산세 및 종합부동산세 과세대상이 된다고 할 것인데, 이에 의하더라도, 이 사건 부속 토지의 경우 과세기준일 현재 이 사건 주택의 건물 부분이 실제로 ‘철거ㆍ멸실되었다’는 것은 아니므로, 이 사건 부속토지는 별도합산 과세대상 토지에 해당한다고 볼 수 없고, 이 사건 부속 토지 부분에 한정하여 ‘주택분’ 종합부동산세를 부과하는 것으로 보아야 한다.

한편, 원고에게 부과된 이 사건 토지에 대한 종합부동산세도 별도합산과세대상인 토지 xx필지 만을 대상으로 하므로, 종합합산과세대상 토지에 대한 적용을 전제로 하는 구 조세특례제한법 제104 조의 19 제1항의 특례는 이 사건 부속토지나 이 사건 토지의 어느 경우에도 적용되지 않는다.

설령 위 과세특례조항이 적용된다고 보더라도, 원고는 같은 조 제2항에 따라 토지의 보유현황을 신고한 사실이 없으므로 어느 모로 보나 이 사건 부속토지 및 이 사건 토지는 모두 종합부동산세 과세대상에 해당한다.

2) 원고에게 부과된 종합부동산세에 대하여 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 이 적용되는지 여부

가) 관련 규정

(1) 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 (이하 ‘쟁점 과세특례조항’이라고도 한다)은‘주택 건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.’고 규정하고, 구 종합부동산세법 제13조 제1항 은 ‘종합합산과세대상인 토지’, 제2항은 ‘별도합산과세대상인 토지’에 대한 종합부동산세의 과세 표준의 각 산출방식을 규정하고 있다.

(2) 한편 구 지방세법 제106조 제1항 은 각 호에서 토지에 대한 재산세 과세대상의 구분을 종합합산 과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하고, 일정한 건축물의 부속토지는 별도합산 과세대상으로서 종합합산과세대상보다 낮은 세율이 적용된다[위 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목, 제111조 제1항 제1호 (나)목, 제113조 제1항 제2호](대법원 2017. 3. 15. 선고 2016두 58406 판결 등 참조). 종합합산과세대상에는 과세기준일 당시 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 나머지 토지가 포함된다고 규정하고 있다.

특히 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목은 별도합산과세대상 토지의 하나로 ‘철거ㆍ멸실 된 주택의 부속토지로서 대통령령으로 정하는 부속토지’를 규정하고, 그 위임에 따른 구 지방 세법 시행령 제103조의2에는 위 “대통령령으로 정하는 부속토지”란 ‘과세기준일 현재 주택이 사실상 철거ㆍ멸실된 날(사실상 철거ㆍ멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거ㆍ멸실된 날을 말한다) 부터 6개월이 지나지 않은 주택의 부속토지를 말한다’고 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

(1) 먼저, 이 사건 부속토지에 대하여 쟁점 과세특례조항이 적용되는지 여부에 관하여 살펴본다.

(가) 원고는 이 사건 부속토지가 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목의 별도합산과세대상 토지에 해당하므로, 피고의 예비적 주장을 받아들여 이 사건 부속토지 부분을 과세대상으로 인정 하더라도, 쟁점 과세특례조항인 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 이 적용되어 결국 종합부동산세 부과대상에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다.

그러나 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 및 구 종합부동산세법 제13조 제1항 의 각 규정을 종합하여 볼 때, 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 은 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합 부동산세 과세특례규정이라 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제 하에 있는 원고의 위 주장은 그 자체로 이유 없다.

(나) 한편, 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목 및 구 지방세법 시행령 제103조의2 의 각 규정을 종합하여 보면, 주택이 철거ㆍ멸실되어 더 이상 그 부속토지라고 볼 수는 없더라도 철거ㆍ멸실된 날부터 6개월까지는 한시적으로 부속토지로 보아 별도합산과세대상으로 보겠다는 취지로 보인다.

그런데 원고가 2021. 4. 14. 건물해체신고를 하여 2021. 5. 14. 내지 2021. 5.17.경 피고로부터 건축물해체허가서를 교부받았고, 이후 2022. 3. 7.경부터 2022. 4. 25.경까지 사이에 이 사건 정비 구역 내 주택 등의 철거가 완료된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 과세기준일인 2020. 6. 1.에는 이 사건 주택의 건축물 부분이 철거ㆍ멸실되었다고 볼 수 없다.

따라서 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 부속토지가 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (다)목 에서 규정하는 별도합산과세대상 토지에 해당한다고 볼 수도 없다.

(다) 앞서 본 바와 같이 구 지방세법 제106조 제1항 및 구 지방세법 시행령 제103조의2 를 체계적 으로 해석하여 보면, 기존에 주택을 소유하고 있던 납세의무자는, ①주택 멸실 전에는 주택부속 토지에 대하여 주택분 재산세 납세의무자가 되고, ② 해당주택이 멸실된 경우에는 ㉮ 주택 멸실 후 6개월까지는 기존 주택 부속토지에 대하여 토지에 대한 별도합산과세대상 재산세 납세의무자가 되며, ㉯ 주택 멸실 후 6개월이 경과한 후에는 기존 주택 부속토지에 대하여 토지에 대한 종합합산 과세 대상 재산세 납세의무자가 된다고 봄이 타당하다.

그렇다면 위 기준에 의할 때, 이 사건 부속토지는 과세기준일인 2020. 6. 1. 당시 그 이전부터 주택의 철거 계획이 확정된 경우이기는 하였으나 실제로는 주택의 건축물 부분이 멸실되기 전이었 으므로‘주택분(부속토지) 종합부동산세 과세대상’에 해당한다고 할 것인바, 이에 대하여는 쟁점 과세특례조항인 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 이 적용되지 않는다고 봄이 타당하다.

(2) 다음으로, 이 사건 토지에 대하여 쟁점 과세특례조항이 적용되는지 여부에 관하여 살펴본다.

(가) 위 라.항에서 본 바와 같이, 이 사건 토지는 근린생활시설인 건축물의 부속토지로서, 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 (가)목, 구 종합부동산세법 제12조 제1항 제2호 에서 정한 ‘별도 합산과세대상’에 해당한다.

(나) 앞서 본 바와 같이 쟁점 과세특례조항인 구 조세특례제한법 제104조의19제1항 은‘종합합산 과세대상인 토지’에 대한 종합부동산세 과세특례규정이라고 봄이 타당하므로, 별도합산과세대상인 이 사건 토지에 대하여는 쟁점 과세특례조항이 적용되지 않는다고 할 것이다.

(3) 결국, 이 사건 부속토지 및 이 사건 토지 어느 쪽에 대하여도 쟁점 과세특례조항의 적용이 없다고 봄이 타당하다.

3) 가정적ㆍ예비적 판단

설령 원고의 주장처럼, 이 사건 부속토지나 이 사건 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 부속토지 등’이 라 한다)가 쟁점 과세특례조항의 적용대상에 해당한다고 가정하더라도, 이러한 가정 하에서, 과연 원고가 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 에서 정한 기간내에 신고의무를 이행하였는지 여부 등에 관하여 살펴본다.

(1) 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 (‘쟁점 과세특례조항’)은 “주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함 되지 아니하는 것으로 본다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고하여야한다.”고 규정하고 있다.

한편, 구 조세특례제한법 시행령 제104조의18 제1항 은 “법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 2022. 12. 31. 국세기본법이 개정되어 신설된 같은 법 제45조의2 제6항은 “종합부동산세법 제7조 및 제12조에 따른 납세의무자로서 과세기준일이 속한 연도에 종합부동산세를 부과ㆍ고지 받은 자의 경우, ’납세고지서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때‘ 등에는 납세고지서에 기재된 종합부동산세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 종합부동산세의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있고, 국세기본법 제45조의2 제2항 각 호에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정 하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구 할 수 있다.”고 규정하고 있다.

또한, 그 부칙(2022. 12. 31.) 제1조는 위 개정된 국세기본법(이하 ’개정된 국세기본법‘이라 한다)의 시행일을 2023. 1. 1.로 정하면서, 제5조 제3항 제1호에서 ’개정된 국세기본법 제45조의2 제6항의 개정규정은 위 법 제45조의2 제1항이 준용되는 경우 위 법 시행 전에 종합부동산세 납세 의무가 성립한 자로서 위 법 시행 당시 종합부동산세 납부기한이 지난 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우부터 적용한다‘고 규정하고 있다.

(1) 원고는 구 도시정비법 제24조 에서 정하는 재개발사업의 시행자로서 주택을 건설하기 위하여 이 사건 부속토지 등을 취득하였고, 그로부터 5년 이내에 이 사건 사업에 관한 사업시행계획 변경 인가를 받았다(갑 제x호증 중 제xx쪽).

그러나 원고가 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 에 정해진 법정신고기간인 ’2020. 9. 16. 부터 같은 달 30.까지‘ 내에 피고에게 이 사건 부속토지 등의 보유현황을 신고하지 않았다는 사실 및 위 2020. 9. 16. 전에도 위와 같은 신고가 이루어지지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제x호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.

따라서 이 사건 부속토지 등이 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 에서 정한 과세특례 대상에 해당하지 않는다고 보아 과세표준에서 합산배제를 하지 아니한 것이 위법하다고는 볼 수 없다.

(2) 이에 대하여 원고는, 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 의 ‘신고’는 과세 편의를 위한 신고로써 정보제공의무를 규정한 것에 불과하므로 이를 해태했다고 하여 위 규정이 적용되지 않는 다고 보는 것은 부당하다는 취지로 주장한다.

그러나 다음과 같은 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법 규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누 20090 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

(나) 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 은 “제1항(‘쟁점 과세특례조항’)을 적용받으려는 자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서 장에게 토지의 보유현황을 신고하여야 한다.”고 규정하고 있는바 ,위와 같이 15일간이라는 단기간의 법정 신고기간을 둔 규정의 입법취지를 고려하면, ①“제1항(‘쟁점 과세특례조항’)을 적용받기 위해서는 위 기간 동안 위와 같이 신고하여야한다”라고 해석되고, ② “위 기간 동안에 위와 같이 신고하지 아니하면 제1항(‘쟁점 과세특례조항’)을 적용하여서는 아니 된다”라고 반대해석할 수 있다.

(다) 구 조세특례제한법 시행령 제104조의18 은 ‘주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세 특례’를 규정하고 있는데, 제1항에서 “법 제104조의19를 적용받으려는 자는 기획재정부령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다.”고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행규칙(2021. 3. 16. 기획재정부령 제831호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)‘별지 제64호의16(서식)’에는 그 ‘주택신축용토지합산배제(변동)신고서’양식이 마련되어 있다.

구 조세특례제한법 시행령 제104조의18 제1항 의 문언 내용 및 입법취지에 비추어 보면,‘최초로 신고한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있지만 (위 제1항 단서 규정), 그 외의 경우 조세특례제한법 제104조의19 를 적용받으려는 자는 기획재정부 령으로 정하는 신고서에 따라 신고하여야 한다(위 제1항 본문 규정)’라고 해석되는바, 이에 따라 위 단서 규정에 해당하지 아니함에도 불구하고 위 본문 규정에서 정한 바와 같은 방법으로 신고 하지 않는 경우에는 구 조세특례제한법 제104조의19 를 적용받을 수 없다고 해석함이 상당하다.

(라) 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 , 구 조세특례제한법 시행령 제104조의18 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행규칙 별지 제64호의16(서식)에서 정한 납세의무자의 신고의무는 단순한 협력의무를 넘어 과세관청으로 하여금 정확한 과세표준의 산정을 위해 합산대상이 되는 토지를 인지할 수 있도록 하고자 하는 것으로, 과세관청으로서는 그와 같은 신고 전까지는 사업시행자가 주택을 건설할 목적으로 당해 토지를 취득하였는지를 알기 어려울 것으로 봄이 상당하다.

또한, 이와 같이 납세의무자의 합산배제신고는 과세관청이 정당한 세액의 종합부동산세를 부과 하기 위하여 반드시 필요한 것으로서, 그 신고서 제출이 이루어지면 과세관청은 국토교통부장관 등으로부터 이미 제공받은 과세자료 등에 그 신고의 내용을 반영하여 비로소 정당한 종합부동산세 과세표준과 세액을 산출할 수 있게 된다고 봄이 상당하다(대법원 2018. 6. 15. 선고 2017두73068 판결의 취지 등 참조).

(3) 한편 원고는, ① 경정청구기간 내에 이 사건 소를 제기하면서 이 사건 토지가 구 조세특례 제한법 제104조의19 제1항에 해당한다는 주장을 하였으므로 같은 조 제2항에서 정한 신고를 이행한 것으로 볼 수 있고, ② 이 사건 부속토지는 주택분으로 통합하여 과세되는 바람에 토지보유현황을 따로 신고하지 못하였으며, 이 사건 소장의 제출로써 신고되었다고 볼 수 있으므로, 구 조세특례 제한법 제104조의19 제2항에 따른 신고의무의 해태를 이유로 위 특례조항이 적용되지 않는다고 할 수 없다는 취지로 주장한다.

(가) 지방자치단체가 수집한 정보에는 합산배제 대상 또는 구 조세특례제한법의 과세특례 대상 인지에 관한 정보가 포함되어 있지 않기 때문에, 과세관청이 납세자에게 정당한 종합부동산세를 부과하기 위해서는 그러한 정보의 신고 등 납세자의 협력의무가 필수적이고, 그와 같은 이유에서 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 에서 정해진 법정신고기간 내에 토지 보유현황을 반드시 신고하도록 한 것이므로, 원고의 이 사건 소로써 신고의 이행이 있었다고 보기는 어렵다.

(나) 조세법률주의의 원칙상 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것인바, 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 , 구 조세특례 제한법 시행령 제104조의18 제1항 본문, 구 조세특례제한법 시행규칙 별지 제64호의16(서식)에서 정한 납세의무자의 신고의무의 이행은 위와 같은 규정에 따라 적법하게 이루어져야 비로소 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 (‘쟁점 과세특례조항’)이 적용될 수 있다고 봄이 상당하다.

따라서 그 외의 방법인 이 사건 소로써 그러한 내용을 신고하였다고 하더라도, 구 조세특례 제한법 제104조의19 제1항(‘쟁점 과세특례조항’)에서 정한 ‘ 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다’는 규정이 적용될 수는 없다고 봄이 타당하다.

(다) 나아가 ① 원고가 구 조세특례제한법 제104조의19 제2항 에 정해진 법정신고기간인 ’2020. 9. 16.부터 같은 해 9. 30.까지‘ 내에 피고에게 이 사건 부속토지 등의 보유현황을 신고하지 않았음에도 불구하고, 과연 그 후에 원고가 이에 대하여 경정청구를 하는 것이 허용되는지와 관련하여서는 위와 같이 15일간이라는 단기간의 법정신고기간을 둔 제도의 취지 등에 비추어 위 (나)항에서 본 바와 같은 합산배제신고를 하지 않은 상태에서 종합부동산세가 부과된 이후 합산 배제 대상토지를 반영하여 종합부동산세를 신고납부5)하였다고 볼만한 객관적인 자료도 없는 이 사건에서 그러한 경정청구가 허용된다고 단정할 수 없다.

뿐만 아니라, ② 설령 그러한 경정청구가 허용될 수 있다고 가정하더라도, 개정된 국세기본법 제45조의2 제6항에 따르면 종합부동산세를 신고납부하지 않은 경우에도 경정청구가 가능하게 되었으나 위 규정은 2023. 1. 1. 이후 경정청구 하는 경우부터 적용되는 것인데, 원고는 그에 따른 경정청구는 하지 않았고, 개정된 국세기본법 시행전에 제출된 2022. 4. 29.자 이 사건 소장으로만 위 내용을 주장하였을 뿐이므로, 결국 이 사건 부속토지 내지 이 사건 토지 부분에 관하여 개정된 국세기본법 제45조의2 제6항 , 제1항에 따른 원고의 경정청구가 있었다고 보기도 어려울 따름이다.

4) 소결론

원고의 이 부분 주장은 어느 모로 보나 모두 받아들일 수 없다.

바. 이 사건 부동산에 관한 종합부동산세 산정방법의 위법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 해당 부분(제x쪽 제xx행부터 제x쪽 제x행까지) 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제x쪽 밑에서 제x행부터 제x쪽 제x행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『② ㉮ 그런데 이 사건 토지 중 일부에 관한 신탁등기가 이 사건 처분이 있은 해의 다음 해인 2021. 6. 25.에서야 이루어졌을 뿐이고, 이 사건 부동산 중 위와 같이 신탁등기가 이루어진 것 이외에 다른 부동산에 관하여도 신탁등기가 이루어진 것인지 여부는 확인되지 않는다.

㉯ 이에 대하여 원고는, 원고가 수용재결을 통해 이 사건 토지 등의 소유권을 취득한 뒤 신탁법 제3조 제1항 제3호에 따라 자신을 위탁자가 아닌 수탁자로 등기해달라고 신청하는 ’자기신탁‘을 한 것이므로, 신탁등기가 마쳐지기 이전이라도 수용된 재산에 관하여 실질적 위탁관계가 존재하였는바, 등기일자를 기준으로 신탁관계를 판단하여 합산과세하는 것은 부당하다는 취지로도 주장한다.

그러나, 구 지방세법 제107조 제1항 제3호 는 ’신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산‘ 에 한하여 그 수탁자를 납세의무자로 규정하고, 위탁자별로 구분된 재산에 대하여 각각 다른 납세의무자로 볼 것으로 규정하고 있다.

그렇다면 법 문언에 충실하게, 실질적 위탁관계의 성립 여부와 관계없이, 이 사건 과세기준일인 2020. 6. 1.을 기준으로 신탁법에 따른 등기ㆍ등록에 의하여 외관이 부여된 경우에만 이를 위탁자별로 구분하여야 할 것이다.

나아가, 이 사건에 있어서는 원고가 이 사건 부동산의 소유자인 조합원들과는 협의취득에 실패 하여 수용절차를 거쳐 그 소유권을 취득하였는바, 현금청산 절차를 거친 조합원들과 원고 사이에 신탁법 제2조 의 신탁의 정의규정에서와 같은 신임관계에 기초하여 실질적인 위탁관계가 성립하였 다고 보이지도 않는다.

따라서 원고의 위 주장은 위와 같은 규정의 문언에 정면으로 배치될 뿐만 아니라, 그러한 신탁법 상의 위탁관계가 성립되었다고 볼 만한 자료도 없으므로, 어느 모로 보나 받아들일 수 없다.』

5. 이 사건 처분의 취소범위

가. 이 사건 부동산 중에서 이 사건 주택의 건물 부분은 종합부동산세 과세대상에 해당하지 아니 하나, 비과세대상은 주택 중 건축물 부분에 국한되므로, 이 사건 주택 중 이를 제외한 이 사건 부속토지 부분은 이 사건 토지와 함께 여전히 종합부동산세 과세대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

나. 을 제xx, xx, xx호증, 을 제xx호증의 x, x의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고가 이 법원의 석명에 따라 경정하여 정당세액을 산출하면서 주택분 과세대상물건을 xxx개에서 xxx개로 감축한 사실, 이 사건 주택 중 서울 xx구 xx동 xxx-xx 주택(을 제xx증 중 제x쪽 기재 순번 xxx 내지 xxx, 과세대상 총 x개)의 경우 그 건물분 소유자는 원고이나, 그 부속토지의 소유자는 제3자인 BBB인 사실(을 제xx호증의 x 중 제xx쪽)이 인정된다.

피고가 주택분 과세대상물건을 위와 같이 xxx개에서 xxx개로 변경시킨 것은 원고에게 불리한 변경이 아니고, 또한 구 지방세법 제107조 제1항 제2호 에서 주택의 건물과 부속토지의 소유자가 다른 경우 건축물과 그 부속토지의 시가표준액 비율로 안분계산한 부분에 대해서는 그 소유자를 납세의무자로 규정하고 있는 점 등에 비추어 볼때, 이와 같이 안분계산을 기초로 하여 피고가 제시한 주택의 부속토지분에 대한 종합부동산세 및 농어촌특별세액의 산출 근거(을 제xx, xx호증)도 정당한 것으로 봄이 상당하다.

다. 위와 같은 사정을 토대로 정당세액을 산정하면 아래 [표] 기재와 같으므로, 결국 이 사건 처분 (20xx년 귀속 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원, 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원의 각 부과처분) 중 아래 [표]의 ’총결정세액‘란 기재 정당세액(을 제xx호증 중 제x쪽)을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리하는 제1심판결은 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.