토지와 건물 등을 일괄양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

소득세법 제100조 제3항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당함

[ 세 목 ]

양도소득

[판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

의정부지방법원-2023-구단-6403(2022.03.27)

[직전소송사건번호 ]

[심판청구 사건번호 ]

[ 제 목 ]

토지와 건물 등을 일괄양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

[ 요 지 ]

소득세법 제100조 제3항 의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당함

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

소득세법 제100조 제3항

사 건

2023구단6043 양도소득세부과처분취소

원 고

이AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2024. 1. 24.

판 결 선 고

2024. 3. 27.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 9. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 6. 19. 남양주시 수동면 운수리 xx 대 470㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 같은 리 xxx 도로 23㎡(이하 ‘이 사건 도로’라 한다), 같은 리 xxxx전 4,006㎡(이하 ‘이 사건 농지’라 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 2000. 1. 17. 이 사건 토지 지상에 단독주택 117.9㎡(이하 ‘이 사건 주택’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하였다(다만 이 사건 주택에 관하여 소유권보존등기를 하지 않았고, C가 매수 후 2021. 4. 26. 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤다). 나. 원고는 2016. 11. 18. C와 이 사건 부동산, 이 사건 도로, 이 사건 농지(이하 ‘이 사건 부동산 등’이라 한다)에 관하여 매매대금을 1,769,300,000원으로 하는 매매계약을 체결하였는데, 위 매매계약서 특약사항에 이 사건 부동산, 이 사건 도로, 이 사건 농지의 매매가액을 각 500,000,000원, 9,100,000원, 1,260,200,000원으로 구분하여 기장하고, 각 매매가액을 양도가액으로 하여 2017. 1. 26. 피고에게 2016년 귀속 양도소득세 186,152,030원을 신고․납부하였다. 다. 피고는 원고가 이 사건 부동산 등을 일괄 양도하면서 구분 기장한 양도가액이 구소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조, 구 부가가치세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따른 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 소득세법 제100조 제3항 에서 정한 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 구 소득세법 시행령 제100조 제2항 에 따라 이 사건 부동산 등의 양도가액 1,769,300,000원을 양도 당시 기준시가로 안분계산하여 2022. 5. 9. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 71,734,800원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 6. 16. 피고에게 이의신청하였으나 2022. 7. 13. 기각되었고, 2022. 10. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2023. 4. 17. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

① 피고가 국세청으로부터 과세자료를 통보받은 2018. 12. 26.로부터 3년 6개월이 지난 시점에서 이 사건 처분에 대한 예고통지가 이루어진 점, 과세예고통지 후 5일만에 이 사건 처분이 이루어진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분은 과세전적부심사의 예외 사유를 규정한 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 ‘세무조사 결과 통지 및 과세예고 통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 이 사건 처분은 절차상 하자가 있는 위법한 처분이다. ② 이 사건 부동산 및 도로의 경우는 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나지만 이 사건 농지의 경우 그 차이가 15.97%로 100분의 30 이하임에도 이 사건 농지도 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. ③ 이 사건 부동산 등을 매매하는 과정에서 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 제1호 단서의 규정에 따라 감정평가를 실시하여 하여 양도가액을 산정한 것이므로, 위 감정평가액을 기준으로 안분하여 이 사건 부동산 등의 각 양도가액을 산정한 것은 정당하다. ④ 원고가 이 사건 부동산 등에 대한 실제 매매계약내용이 아니라 구 소득세법 제100조 제2항 등의 규정에 따라 안분계산한 금액을 이 사건 부동산 등의 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고 및 납부하는 것을 기대하기 어려운 사정이 있으므로, 가산세 부과는 지나치다.

3. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

4. 판단

가. ① 주장에 관한 판단

1) 관련규정 및 법리

국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 에 따르면, 세무서장 또는 지방국세청장은 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 한다. 또한 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호 에서 ‘제1항에 따른 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하면서, 국세기본법 제81조 15 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 이는 과세전적부심사를 거치지 않거나 그에 관한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있다는 의미로 봄이 타당하다.

2) 구체적인 판단

위 관련규정 및 법리에 따르면, 위 각 증거들, 을 제4, 6 내지 8호증의 각 기재 에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실에 기초하여 국세기본법상의 과세전적부심사를 거치지 않고 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 가) 이 사건 처분의 국세부과 제척기간 만료일은 2022. 5. 31.이고, 한편 피고는 2022. 5. 6. 원고에게 과세예고통지서를 발송하여 2022. 5. 9. 원고에게 송달되었는바, 이는 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따른 ‘과세예고 통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하여 과세전적부심사를 거치지 않고 부과처분을 할 수 있는 예외적인 경우에 해당한다. 나) 원고는 피고의 2022. 5. 6.자 과세예고통지를 수령하고 2022. 6. 8. 과세전적부심사 청구를 하였으나, 이 사건 처분이 있다는 사실을 확인한 후 피고에게 과세전적부심사 청구를 취하하고 이의신청서를 제출하고자 한다는 내용의 취하서를 제출하였고, 이에 따라 2022. 6. 16. 과세전적부심사청구가 취하됨과 동시에 이의신청이 접수되어 2022. 7. 13. 기각결정이 내려지고 2023. 4. 27. 최종적으로 심판청구가 기각결정되면서 전심절차가 이행되었다.

나. ② 주장에 관한 판단

가) 구 소득세법 제100조 제2항 전문은 ‘양도가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령(2016. 12. 5. 대통령령 제27653호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제166조 제6항은 ‘법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 구 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 는 ‘토지와 건물 등에 대한 구 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하되, 다만 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

나) 구 소득세법 제100조 제3항 에서 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별사안에 대한 고려없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 감안하여 구 소득세법 제100조 제2항 의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’ 의 판단기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다.

가) 인정사실

앞서 본 증거들에 의하면, 아래와 같은 사실이 인정된다. (1) 구 소득세법 제100조 제2항 , 제3항을 이 사건에 적용하면, 기준시가 및 안분가액, 구분기장 가액과 안분계산 가액의 차이는 아래 표1과 같다.

(2) 피고는 위 <표1>의 안분가액란 기재와 같이 이 사건 부동산 등의 각 양도가액을 기준시가에 따라 안분계산하여 아래 <표2>와 같이 최종 양도가액과 취득가액을 결정해 이 사건 처분을 하였다

나) 원고의 주장에 대한 판단

(1) 원고는 이 사건 농지의 경우 안분가액과의 차이가 100분의 30 이하이므로, 이 사건 농지를 포함하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 구 소득세법 제100조 제3항 은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위와 같이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는데, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 한 위 조항의 입법 취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 위 조항의 문언 내용 및 형식, 조세명확주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 소득세법 제100조 제3항 은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다. 한편 구 소득세법 제100조 제2항 , 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 , 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 는 모두 “토지와 건물 등”이라는 표현을 사용하고 있다. 위 규정들은 그 문언에 비추어 볼 때 ‘토지와 건물’을 일괄 양도하는 경우뿐만 아니라 ‘토지와 토지’ 및 ‘건물과 건물’을 일괄 양도하는 경우에도 적용됨을 전제로 하고 있다고 보인다. 위 규정들은 ‘토지와 건물’은 물론 ‘토지와 토지’, ‘건물과 건물’ 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서, 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 입법취지가 있다고 보는 것이 타당하다.

(3) 위 법리에 따르면, 피고가 이 사건 부동산의 신고가액과 안분가액 간에 39.04%의 차이가 있고, 이 사건 도로의 경우 67.29%의 차이가 존재(위 <표1>)하여 소득세법 제100조 제3항 에서 규정한 이 사건 부동산 등의 양도가 ‘토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당한다고 보아 소득세법 제100조 제2항 에 따라 위 <표1>, 위 <표2>와 같이 이 사건 농지를 포함한 이 사건 부동산 등 전체 거래 가액을 일률적으로 양도 당시 기준시가에 따라 안분계산하여 한 이 사건 처분은 적법하다(다만, 이 사건 부동산의 경우 1세대 1주택 규정이 적용되어 비과세되었다). (4) 따라서, 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

다. ③ 주장에 관한 판단

1) 관련규정

구 부가가치세법 시행령 제64조 에서 ‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가

액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있고, 제1호에서는 ‘토지와 건물등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한금액으로 한다’라고 규정하고 있으며, 제2호에서는 ‘토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분계산한 금액’이라고 각 규정하고 있다

위 관련법령에서 기준시가가 있는 경우 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있으므로, 피고가 이 사건 부동산 등의 양도가액을 구 소

득세법 제99조에 따른 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 한 이 사건 처분은 정당하고, 나아가 양도시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 양도시기가 속하는 과세기간 종료일까지의 감정평가액이 존재한다는 아무런 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

라. ④ 주장에 관한 판단

1) 관련법리

국세기본법 제48조 제1항 제2호 에서는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 한편 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 이때, 가산세의 부과를 저지하는 사유에 해당하는 정당한 사유는 가산세의 면제사유라고 볼 것이므로, 특별한 사정이 없으면 납세자가 정당한 사유가 존재한다는 점에 대하여 증명할 책임이 있다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).

원고는, 양도가액으로 실제 지급받은 매매대금을 신고하였고, 구 소득세법의 제

100조 제2항 등의 규정에 따라 안분계산한 금액을 이 사건 부동산 등의 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고・납부할 것을 기대하기 어렵다고 할 것이므로, 가산세까지 부과하는 것은 지나치다고 주장하나, 원고는 주장하는 사정은 단순히 사실의 오인 또는 법령의 부지에 해당할 뿐, 세법에 규정된 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판

결한다.