이 사건 각 특허권의 실질적인 귀속자는 원고이며, 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당한다고 볼 수도 없음

단순히 아이디어를 제시하는 단계에서 나아가 착상을 구체화하여 발명의 정도에 이르게 한 것은 aaa가 아닌 원고라고 봄이 타당하므로, 이 사건 각 특허권의 실질적인 귀속자는 원고이며, 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당한다고 볼 수도 없음

[ 세 목 ]

법인

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

수원지방법원-2022-구합-60135(2023.11.30)

[직전소송사건번호 ]

[심판청구 사건번호 ]

조심-2020-중-1299(2021.10.12.)

[ 제 목 ]

이 사건 각 특허권의 실질적인 귀속자는 원고이며, 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당한다고 볼 수도 없음

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

사 건

2022구합60135 법인세 등 부과처분 취소청구

원 고

AAA 주식회사 대표이사 aaa

피 고

○○지방국세청장, ○○세무서장

변 론 종 결

2023. 11. 9.

판 결 선 고

2023. 11. 30.

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 ○○ 지방국세청장이 2019. 11. 29. 원고에게 한 소득자를 aaa로, 소득종류를 상여로 하는 2015년 귀속 소득금액 2,830,000,000원, 2017년 귀속 소득금액 2,242,906,008원의 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 피고 ○○ 세무서장이 2019. 12. 4. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 294,164,550원의 부과처분 중 150,842,040원을 초과하는 부분, 2017 사업연도 법인세 422,443,120원의 부과처분 중 289,879,020원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 7. 25. 설립되어 반도체 장비 제조업 등을 영위하고 있는 법인이고, aaa는 원고의 대표이사이다.

나. aaa는 반도체 제조공정 중 식각(Etching) 공정 1) 과 관련한 아래 각 발명(이하‘이 사건 각 발명’이라 한다)에 대하여 특허를 출원ㆍ등록하였다(이하 ‘이 사건 각 특허권’이라 한다).

다. 원고는 ① 2015. 8. 14. aaa와 이 사건 각 특허권 중 연번 제1 내지 8번 특허권(이하 위 8건의 특허권을 통칭하여 ‘제1 특허권’이라 한다)을 2,830,000,000원에 양수하기로 하는 계약(이하 ‘제1 양도계약’이라 하고, 그 양도대금은 ‘제1 양도대금’이라 한다)을 체결하여 2015. 8. 31. 제1 특허권을 양수하였고, ② 2017. 9. 27. aaa와 이 사건 각 특허권 중 연번 제9 내지 25 특허권(이하 위 17건의 특허권을 통칭하여 ‘제2특허권’이라 한다)을 3,738,176,680원에 양수하기로 하는 계약[이하 ‘제2 양도계약’이라 하고, 그 양도대금을 ‘제2 양도대금’이라 한다. 제1 양도계약 제2 양도계약을 통칭할 때에는 ‘이 사건 각 양도계약’이라 하고, 이 사건 각 양도계약의 양도대금 합계액 6,568,176,680원(= 2,830,000,000원 + 3,738,176,680원)을 ‘이 사건 양도대금’이라 한다]을 체결하여 같은 날 제2 특허권을 양수하였다.

라. 원고는 이 사건 양도대금과 이 사건 각 특허권 관련 감가상각비를 각 사업연도에 손금산입하여 2015 내지 2017 사업연도 법인세를 신고하였다.

마. 피고 ○○세무서장은 2019. 3.경 원고에게 ‘2017년에 원고의 특수관계자인 aaa에게 기타소득 총수입금액으로 제2 양도대금을 지급한 사실과 관련하여 과다(부당) 지급 혐의가 있으니 사실 거래여부를 확인하여 잘못 신고된 부분이 있으면 수정신고를 하고 원고가 지급액이 적정하다고 주장하는 경우 이에 대한 근거서류를 제출하여 주시기 바란다’라는 내용의 해명자료 제출 및 수정신고 안내를 하였다.

바. 이에 원고는 ‘aaa가 원고의 반도체 성능 향상을 위한 장비를 생산하는 엔지니어로서 제품의 고안부터 양산까지 직․간접적으로 모든 공정에 관여하였다‘는 취지의 소명서를 제출하였고, 제2 양도대금 중 60%에 상당하는 부분은 aaa가 특허권 취득에 기여한 점을 인정하고 나머지 40%에 대하여만 과다지급한 것으로 판단하여 제 2양도대금의 40%에 상당하는 1,495,270,672원(= 3,738,176,680원 × 40%) 및 그에 해당하는 감가상각비 70,776,144원을 손금불산입하였고, 위 1,495,270,672원을 aaa에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 수정신고를 하였다.

사. 피고 ○○지방국세청장은 2019. 9. 26.부터 2019. 11. 29.까지 원고에 대한 2015 내지 2017 사업연도 법인세 통합조사(이하 ’이 사건 세무조사‘라 한다)를 실시하였고, 그 결과 이 사건 각 특허권의 실질적 소유자를 aaa가 아닌 원고로 보았으며, 원고가 aaa 명의로 이 사건 각 특허권을 출원․등록한 후 다시 그 권리를 취득하는 거래 형식을 통해 aaa에게 부당하게 법인 자금을 유출한 것으로 판단하였다.

아. 이에 피고 ○○지방국세청장은 이 사건 양도대금 6,568,176,680원 중 원고가 위 바.항과 같이 수정신고한 1,495,270,672원을 제외한 나머지 5,072,906,008원 및 그에 해당하는 감가상각비 1,028,699,658원을 아래와 같이 손금불산입하였고, 위와 같이 손금불산입한 금액 중 이 사건 양도대금에 해당하는 5,072,906,008원이 원고의 대표이사인 aaa에게 귀속되었다고 보아 2019. 11. 29. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 나목에 근거하여 소득자를 aaa로, 소득종류를 상여로 하는 2015년 귀속 소득금액 2,830,000,000원, 2017년 귀속 소득금액 2,242,906,008원의 각 소득금액변동통지를 하였다.

자. 피고 ○○지방국세청장으로부터 과세자료를 통보받은 피고 ○○세무서장은 2019. 12. 4. 위와 같이 손금불산입한 금액과 그 밖에 연구인력개발비세액공제 부인 등을 반영하여 원고에게 2016 사업연도 법인세 294,164,550원, 2017 사업연도 법인세 422,443,120원을 각 부과하였는데(2015 사업연도는 이월된 세액공제액으로 인하여 법인세가 부과되지 않았다), 위 각 법인세 부과처분 중 이 사건 각 특허권 및 그 감가상각비와 관련된 것으로서 원고가 이 사건에서 취소를 구하는 부분은 아래와 같다(아래에서는 위 아.항 기재 각 소특금액변동통지 및 위 각 법인세 부과처분 중 원고가 다투는 부분을 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

차. 원고는 2020. 2. 27. 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 10. 12. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 5, 7 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. aaa는 반도체 제조공정과 관련한 충분한 경험과 지식을 보유하고 있었고, 이를 활용하여 반도체 제조공정 중 식각 공정을 마친 웨이퍼의 표면에 남아있는 잔류가스인 ’퓸(fume)‘을 제거하는 일련의 이 사건 각 특허를 발명하였다. 따라서 이 사건 각 특허의 대상이 된 아이디어를 발명한 것은 원고가 아닌 aaa이고, 원고의 기업부설연구소는 aaa의 발명을 이용하여 제품을 개발․양산한 것에 불과하므로, 이 사건 각 특허권의 소유자는 aaa이다. 그런데도 피고들은 이 사건 각 특허권의 실질적인 소유자가 원고라는 전제에서 이 사건 양도대금 및 그와 관련한 감가상각비를 손금불산입하고, 이 사건 양도대금 상당액을 aaa에 대한 상여로 소득처분하여 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이 사건 각 처분은 그 과세요건사실이 인정되지 않아 위법하다.

나. 피고 ○○세무서장은 2019. 3.경 원고에게 제2 양도계약에 대한 해명자료 제출 및 수정신고 안내를 하였고, 이에 따라 원고는 관련 자료를 제출하였으므로, 이는 질문조사권을 행사하여 납세자에게 협력의무를 부여한 것으로서 세무조사에 해당한다. 따라서 피고 ○○지방국세청장이 2019. 9. 26.부터 2019. 11. 29.까지 실시한 이 사건 세무조사는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복세무조사에 해당하므로, 이 사건 각 처분은 위법한 재조사에 기한 것으로서 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 각 특허권이 aaa의 소유라는 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

나) 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호 는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결 등 참조).

2) 인정사실

앞서 든 증거들과 을 제12 내지 17, 19, 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

가) aaa는 1994년부터 2001년까지 반도체 장비를 취급하는 미국 법인의 한국 자회사인 BBB 코리아에서 CCC 담당 엔지니어로 근무하는 등 반도체 제조공정 중 식각(Etching) 공정과 관련한 지식과 경험을 가지고 있는 사람이다.

나) aaa는 2003. 12. 2. ‘○○○’라는 상호로 사업자등록을 하고 반도체 관련 사업을 시작하여 식각 공정과 관련된 제품을 제조․판매하는 등의 영업을 수행하였는데, 특히 2009년경부터 반도체 제조공정 중 식각 공정을 마친 웨이퍼의 표면에 남아있는 잔류가스인 ’퓸(fume, 충분히 세척되지 않을 경우 반도체의 오작동 등 고장의 원인이 되기도 함)‘을 제거하는 기계인 FRS1700 모델(이하 ’FRS1700’이라 한다)의 개발을 시작하였고, 2011년경 시제품을 출시하였다.

다) aaa는 2007. 10. 8.경 ‘피코앤테라 부설연구소’를 설립하여 한국산업진흥협회에 신고하였고, 웨이퍼 홀딩․세척, 퓸 제거 등과 관련한 아래와 같은 특허(이하 ‘선행 특허’라 한다)를 취득하여 FRS1700 모델의 개발에 활용하였다.

라) aaa는 2011. 7. 25. 원고를 설립하였고, 2011. 8. 1. aaa와 원고 사이에 ‘○○○’의 사업에 관한 일체의 권리와 의무를 포괄적으로 양도․양수하는 내용의 사업양도양수계약이 체결되었다.

마) 원고는 2012년경부터 FRS1700을 양산하여 시중에 판매하였고, 2012. 12. 13. aaa로부터 FRS1700에 활용된 선행 특허를 1,015,000,000원에 양수하였다.

바) 원고는 기본적인 기기의 작동원리 및 목적은 FRS1700과 동일하지만 퓸 제거 성능 등이 개선된 FFS2000 모델(이하 ‘FFS2000’이라 한다)을 2012년경부터 개발하여 2013년경 시제품을 생산하였고, 2014년경부터 양산하여 시중에 판매하였다.

사) 이 사건 각 특허권 중 제1 특허권은 대부분 FFS2000에 활용되었고, 제2 특허권은 FFS2000 또는 그 후속 모델인 FFS3000 모델 등에 활용되었다.

아) 한편, 원고가 2011년부터 2021년까지 연구․인력개발비로 세액공제를 받은 내역 및 연구원의 구성은 아래와 같다.

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실, 위 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 단순히 아이디어를 제시하는 단계에서 나아가 착상을 구체화하여 발명의 정도에 이르게 한 것은 aaa가 아닌 원고라고 봄이 타당하므로, 이 사건 각 특허권의 실질적인 귀속자는 원고라고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

가) 원고는 2011. 7. 25. 설립된 직후 aaa가 운영하던 ‘○○○’의 사업을 포괄적으로 양수하면서 개인사업체의 부설연구소 역시 양수하였고, 원고의 설립 초기 주력 제품인 FRS1700에 활용되었던 선행 특허를 2012. 12. 13. aaa로부터 1,015,000,000원에 양수하였다. 이후 원고는 2012년 6명, 2013년 9명, 2014년 11명, 2015년 15명, 2016년 16명, 2017년 23명의 연구원을 보유하게 되었고, 연구원들의 인건비로 연 약 2억 2,500만 원 내지 12억 4,100만 원을 지출할 정도로 연구․개발에 많은 인력과 비용을 투입하게 되었다. 위와 같은 연구원들의 주 업무는 원고의 주력 제품인 FRS1700의 업그레이드 버전인 FFS2000을 개발하는 것이었고, 이러한 원고의 연구․개발이 성공적으로 진행되어 원고는 FFS2000으로 상당한 액수의 매출을 달성하게 되었으며, 이후 FFS3000 등의 후속 제품을 연구․개발하게 되었다.

나) 이 사건 각 특허권은 2011. 11. 29.부터 2015. 9. 15.까지 출원된 특허들에 대한 것으로, 이는 원고가 FFS2000을 개발하여 판매하고, 그 후속 제품인 FFS3000를 개발하던 시기이다. 이 사건 각 특허권은 FFS2000 및 FFS3000에 활용된 기술로 보이는바, 원고가 당시 보유하던 연구원의 수, 연구원들의 인건비, 연구․개발을 위한 물적시설, 원고의 매출에서 FFS2000이 차지하던 비율 등에 비추어 볼 때, 원고의 연구원들은 위 기간 동안 이 사건 각 특허권과 관련된 아이디어를 구체화하고 도면화하는 등 발명의 단계에 이르기 위한 연구․개발 업무를 수행하였다고 보는 것이 합리적이다[이와 관련하여 aaa는, 세무조사 과정에서 개인사업자였던 2011. 2. 7. 출원한 선행 특허 연번 제6번의 출원 과정에 관하여, ‘해당 특허는 FRS1700 모델과 관련한 특허로, 2009년경 aaa가 아이디어를 구체화하여 개발을 시작하였고, 이 아이디어를 구체화하기 위해 연구소 직원들에게 기본 아이디어와 개발지시를 하여 개발을 진행하였다’고 진술하였다(을 제19호증 aaa 문답서 2쪽). 이처럼 개인사업자 당시부터 부설연구소는 특허출원을 위한 아이디어를 구체화시키는 역할 등을 수행하였던 것으로 보이고, 이러한 역할은 원고 설립 이후에도 계속되었다고 보는 것이 타당하다].

다) 이에 대하여 원고는, 기존 제품과 차별화된 ‘신규성’ 및 ‘진보성’을 갖춘 아이디어를 제공한 것은 aaa이므로, aaa가 이 사건 각 발명을 한 것이고, 원고의 연구원들은 aaa가 제공한 아이디어를 바탕으로 자료수집 및 분석, 기초 설계, 유동해석, 시제품 설계, 시제품 제작 및 테스트, 양산 공장 적용 테스트 업무를 수행했을 뿐이라고 주장한다(2023. 3. 28.자 준비서면 12쪽 등). 그러나 특허권의 발명자라고 인정하기 위해서는 단순히 발명에 대한 아이디어를 제공하거나 착안점을 제시한 것만으로는 부족하고, 실질적으로 그러한 아이디어를 발전시켜 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 기술의 내용을 설계하고 발명을 실제 제품에 적용하기 위한 구체적인 수단과 방법을 마련하는 정도에 이르러야 할 것인데, 이 사건 각 발명의 내용에 비추어 보면, 식각 공정 후 웨이퍼 표면에 잔존하는 퓸(Fume)을 더욱 효과적으로 제거하기 위한 아이디어가 발명으로 완성되기 위해서는 기존의 기술을 개량한다는 착상 외에도 도면 작성, 구체적인 공정의 구성, 기술의 실현가능성․효율성․안정성 검증 등 최초의 착상을 구체화하는 행위가 필요하였을 것으로 보이고, 이를 위해 원고의 인적․물적시설이 이용되었을 것으로 판단된다. 따라서 원고가 주장하는 바와 같은 아이디어의 제공만으로는 aaa가 이 사건 각 발명을 하였다고 보기는 어렵다.

라) 위와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 인력과 비용을 투입하여 이 사건 각 특허권 등 FFS2000 및 FFS3000과 관련된 기술을 연구․개발 하였다고 봄이 상당하다. 결국 이 사건 각 특허권과 관련된 아이디어를 제공한 것은 aaa가 원고의 대표이사로서 수행한 업무의 일환으로서 이루어진 것으로 보이고, 이를 연구․개발하여 발명의 정도에 이르게 한 것은 원고라고 보는 것이 보다 타당하다.

마) aaa는 당초부터 이 사건 각 특허권을 개인 명의로 취득하고자 하였으므로 특허출원과정에서 특허출원비용이 aaa 개인의 통장에서 지급되었다 하더라도 그러한 사정이 이 사건 각 특허권이 aaa에게 실질적 귀속된다는 중요한 근거가 되지는 않는다.

바) 나아가 원고가 제출하고 있는 연구노트 및 회의록(갑 제15, 16호증)에는 작성일이나 작성시기가 기재되어 있지 않고, 그 내용도 기본적인 착상 내지 아이디어 등이 나열되는 것에 불과하다. 또한 위 연구노트에서 구체적인 발명의 목적 및 효과달성을 위하여 요구되는 실질적인 수단에 관한 내용, 이 사건 발명에 이르기까지 그 오류나 시행착오에 관한 내용을 발견할 수 없다. 따라서 aaa가 해당 연구노트 및 회의록의 내용을 통해 이 사건 각 발명에 이르렀다고 보기에는 부족하다.

사) 그 밖에 이 사건 각 특허권의 발명자에 aaa 외의 직원들이 포함되어 있기도 한 점, 원고 스스로도 수정신고 당시 제2 특허권에 대한 부설연구소의 40%의 기여를 인정하였던 점, 원고 법인 설명자료에 따르면 원고가 38건의 특허를 등록하고 57건의 특허를 출원하였다고 기재되어 있는 등 원고가 특허 출원을 위한 연구․개발 활동을 수행한다는 취지의 설명이 있는 점, ○○ 특허법률사무소 변리사 ○○○은 원고의 주장에 부합하는 내용의 확인서를 제출하였으나 2) 변리사는 원고의 구성이나 부설연구소의 역할과 기능에 관하여 정확히 알 수 있는 위치에 있지 않은 점 등을 고려하면, 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

나. 이 사건 세무조사가 위법한 재조사에 해당한다는 주장에 관한 판단

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자 등의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없는데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자 등의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵지만, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 과세관청이 2019. 3. 원고에게 한 ‘해명자료 제출 및 수정신고 안내’ 통지가 세무조사라고 보기 어렵고, 따라서 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 피고 ○○세무서장이 2019. 3.경 원고에게 보낸 ‘해명자료 제출 및 수정신고 안내’ 통지는 ‘제2 양도대금과 관련하여 과다지급 혐의가 있으니, 만일 원고가 해당 지급액이 적정하다고 주장한다면 그에 대한 근거서류를 제출하여 달라’는 내용으로, 제출 요구 서류로는 ‘계약서, 기타소득 지급금액 관련 평가서, 대금지급 증빙서류, 소득자에게 지급한 기타소득 총수입금액이 적정함을 증명할 수 있는 서류’를 들고 있다. 이처럼 위 통지는 원고가 신고한 법인세와 관련하여 원고가 단순한 사실관계를 확인하고 이와 관련한 간단한 질문조사를 하는 내용으로 이루어져 있다.

나) 과세관청은 원고에게 위와 같은 자료를 요청한 이후 다시 원고에게 추가자료 제출을 요구하지 않았고, 제출한 자료에 대한 추가 해명을 요구하지도 않았으며, 과세관청이 원고나 원고의 직원 등을 직접 접촉하여 질문하거나, 원고의 회계장부 등을 조사하는 등의 행위도 전혀 하지 않았다.

다) 위와 같은 통지에 대하여 원고가 제출한 소명서(갑 제9호증)를 살펴보면, 원고는 aaa로부터 제2 특허권을 양수하게 된 경위를 개략적으로 설명하고 있고, 그 소명자료로 대부분 원고가 기존에 보유하고 있던 자료를 제출하고 있으므로, 납세자인 원고의 입장에서 비교적 손쉽게 응답할 수 있는 내용이라고 보인다.

라) 이처럼 위 통지는 납세자인 원고의 영업의 자유 등에 별다른 영향을 미치지 않는 단순한 사실관계의 확인 내지 그와 관련한 간단한 질문조사에 불과하므로, 재조사가 금지되는 세무조사의 정도에 이른다고 볼 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

별지

관 계 법 령

■ 특허법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "발명"이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도한 것을 말한다.

2. "특허발명"이란 특허를 받은 발명을 말한다.

3. "실시"란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위

나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위 또는 그 방법의 사용을 청약하는 행위

다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위

제29조(특허요건)

① 산업상 이용할 수 있는 발명으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외하고는 그 발명에 대하여 특허를 받을 수 있다.

1. 특허출원 전에 국내 또는 국외에서 공지되었거나 공연히 실시된 발명

2. 특허출원 전에 국내 또는 국외에서 반포된 간행물에 게재되었거나 전기통신회선을 통하여 공중이 이용할 수 있는 발명

② 특허출원 전에 그 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 사람이 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 발명에 의하여 쉽게 발명할 수 있으면 그 발명에 대해서는 제1항에도 불구하고 특허를 받을 수 없다.

제33조(특허를 받을 수 있는 자)

① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(유증)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

■ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제67조(소득 처분)

제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제 69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

■ 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것)

제106조(소득처분)

① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당,이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. 제1호에도 불구하고 다음 각 목의 금액은 기타 사외유출로 할 것

(각 목 생략)

■ 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것)

제81조의4(세무조사권 남용 금지)

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대

하여 조사하는 경우

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우