비영리법인의 고정자산 처분 수입이 비과세되기 위하여는 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고정자산을 고유목적에 직접 사용한 경우이어야 함

비영리법인이 고정자산을 고유목적에 직접 사용한 경우에 해당하는지 여부의 판단과 관련하여 비영리법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 유형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 함

사 건

2022 구합 89234 법인세경정거부처분취소

원 고

○○교회

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 09. 12.

판 결 선 고

2023. 12. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다 .

2. 소송비용은 원고가 부담한다 .

청 구 취 지

피고가 2021. x. 1. 원고에게 한 2020 사업연도 법인세 xxx.xxx.xxx원에 대한 경정거부처분 중 xxx.xxx.xxx원을 초과하는 부분 ( xxx.xxx.xxx원 ) 을 취소한다 .

이 유

1. 처분의 경위

가 . 원고는 1969. 4. 3. 설립된 종교단체로서 , 1987. 1. 20. 00 시 BB 임야 11,405 ㎡ ( 이하 ‘B’ 라 한다 ), BB 임야 14,230 ㎡ ( 이하 ‘BB’ 이라 한다 ), CC 임야 648 ㎡ ( 이하 ‘CC’ 라 한다 ), DD 잡종지 990 ㎡ ( 이하 ‘DD’ 라 한다 ) 등 토지 4 필지 및 건물 ( 이하 ‘ 이 사건 동산 ’ 이라 한다 ) 을 매수하여 , 1987. 2. 5. 각 소유권이전등기를 마쳤다 .

나 . 원고는 2020. xx. 25. 소외 EE 주식회사에 이 사건 부동산을 양도하고 , 2021 년 1 월경 해당 부동산의 양도소득에 대한 법인세로 xxx.xxx.xxx원을 신고 · 납부하였다 .

다 . 원고는 2021. 3. 31. 2020 사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하면서 이 사건 부동산은 3 년 이상 고유목적사업에 사용되어 법인세법상 그 처분으로 발생한 수입은 과세소득에서 제외하여야 하므로 , 이미 납부한 법인세 xxx.xxx.xxx원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다 .

라 . 피고는 이 사건 부동산 중에서 AA 중 임야 11,124 ㎡와 C 중 임야 12,930 ㎡ ( 이하 ‘ 이 사건 쟁점토지 ’ 라 한다 ) 는 3 년 이상 고유목적사업에 사용한 것이 아니라고 보고 2021. x. 1. 이 사건 부동산 중 이 사건 쟁점토지를 제외한 부분에 대하여만 양도소득에 대한 법인세 xxx.xxx.xxx원을 환급하는 결정 1) 을 하였다 ( 위 경정청구 중 인용되지않은 부분을 이하 ‘ 이 사건 처분 ’ 이라 한다 ).

마 . 이 사건 부동산의 구체적인 토지이용계획 , 이용상황 , 과세 내역은 아래와 같다 .

바 . 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. xx. xx. 이의신청을 하였으나 2021. xx. xx. 기각결정을 받았고 , 2022. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. xx. xx. 기각결정을 받았다 .

2. 처분의 적법 여부

가 . 원고의 주장 요지

원고는 종교활동을 위하여 이 사건 쟁점토지를 33 년간 소유하였고 , 교인들은 해당토지에서 종교활동의 목적으로 야외기도 , 수련회 , 수목 사업과 같은 활동을 하였으며 , 원고가 별도로 비용을 들여 지정한 관리인을 통해 이 사건 쟁점토지를 관리한 사정 등을 종합적으로 고려할 때 , 원고는 이 사건 쟁점토지를 3 년 이상 그 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있다 . 이와 다른 전제에 이 사건 처분은 위법하다 .

나 . 관계 법령

별지 기재와 같다 .

다 . 판단

1) 관련 법리

가 ) 법인세법 시행령 제 3 조 제 2 항의 해석

(1) 구 법인세법 (2020. 8. 18. 법률 제 17476 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 4 조 제 3 항 제 5 호에 의하면 , 비영리법인이 보유하고 있는 유형자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보아 과세대상 소득으로 본다고 규정하고 있다 . 다만 구 법인세법 제 4 조 제 3 항 제 5 호 단서 , 구 법인세법 시행령 (2023. 7. 7. 대통령령 제 33621 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 3 조 제 2 항에서 ‘ 유형자산의 처분이익 중 유형자산 처분일 현재 3 년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 처분으로 인한 수입은 제외한다 ’ 는 취지로 규정하고 있다 .

(2) 일정한 범위 내에서 비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대하여 비과세 하도록 규정한 것은 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하는 데에 그 취지가 있고 , 소득세법 · 지방세법 · 조세특례제한법 등도 비영리단체의 자산에 관하여 비과세를 규정하는 경우 일정한 기간 동안 그 고유목적사업에 직접 사용할 것을 요건으로 하고 있다 ( 대법원 2013.5. 23. 선고 2013 두 1829 판결 등 참조 ).

(3) 법인세법 시행령 제 2 조 제 2 항 2) 이 규정하고 있는 “ 비영리법인이 고정자산을 고유목적에 직접 사용 ” 한 경우에 해당하는지 여부는 법인의 사업목적 , 당해 자산을 취득하게 된 경위 , 용도 , 사용주체나 실태 및 현황 , 취득 후 경과한 기간 , 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되 , 비영리법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ‘ 고유 ’ 목적사업에 ‘ 직접 ’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 할 것이다 ( 대법원 2006. 7. 27. 선고 2005 두 14370 판결 등 참조 ).

나 ) 조세법규 해석의 원칙

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며 , 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다 ( 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008 두 7830 판결 ).

2) 구체적 판단

가 ) 원고의 정관 제 2 조 제 2 항에 따르면 원고는 ‘ 예배 , 교육 , 복음 전도 , 봉사 그리고 올바른 성도의 교제 ’ 를 목적으로 한다 . 이 사건 쟁점토지가 ’3 년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산 ‘ 에 해당하려면 , 위에서 본 ’ 예배 , 교육 , 복음 전도 , 봉사 그리고 올바른 성도의 교제 ’ 등의 활동 자체에 ‘ 직접 ’ 사용되어야 한다 .

나 ) 앞에서 인정한 사실과 채택한 증거 및 갑 제 4 내지 9, 13 내지 16 호증 ( 가지번호 포함 , 이하 같다 ), 을 제 5, 6, 7 호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 관계 법령 및 법리에 비추어 살펴보면 , 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 쟁점토지를 처분할 당시 3 년 이상 고유목적사업에 ‘ 직접 ’ 사용하였다고 인정하기에 부족하고 , 달리 이를 인정할 증거가 없다 . 따라서 원고의 주장은 받아들이기 어렵다 .

(1) 우선 , 원고가 종교활동을 목적으로 이 사건 쟁점토지를 사용하였다고 인정하기 부족하다 ( 이 사건 쟁점토지를 처분할 당시를 기준으로 3 년 동안은 더욱 그러하다 ). 그 이유는 아래와 같다 .

① 이 사건 부동산 중 DD, CC, AA 중 281 ㎡ , BB 중 1,300 ㎡의 경우 원고의 종교 목적을 달성하는 것에 직접 기여하는 예배당을 중심으로 하여 숙소 , 식당 , 관사 및 창고 등 건물이 존재한다 . 그러나 이 사건 쟁점토지에는 위와 같은 건물이 위치하지 않았고 , 그러한 건물이 존립하는 데 필수적으로 기능하는 토지라고 볼 수도 없다 .

② 원고가 이 사건 쟁점토지에서 종교목적의 일환으로 야외기도 , 수련회 , 봄 소풍 , 야외나들이 등을 했었다는 사진자료를 제출하였으나 , 해당 자료는 촬영 시기 및 장소를 구체적으로 특정하기 어려울 뿐만 아니라 , 원고는 위 자료가 10~30 년 전에 촬영된 것 (1990 년대부터 2010 년대 ) 이라고 주장하는데 , 그 자체로 처분일 기준으로 3 년 이내에 계속하여 종교 목적으로 사용되었는지를 뒷받침할 수 있는 근거가 되기 어려워 보인다 .

③ 위 사진자료를 보더라도 , 등장하는 인물들이 동일한 옷을 착용하고 있거나 동일한 날짜가 기재되어 있는 사진이 여럿 발견되므로 , 해당 사진자료의 상당 부분은 동일한 시기에 촬영된 사진으로 보인다 . 이 사건 쟁점토지에 야외기도 등의 활동이 있었다고 하더라도 원고가 제출한 사진자료만으로는 그것이 지속적으로 있었다고 보기어렵다 .

④ 원고가 제출한 자료에 등장하는 임야 면적은 이 사건 쟁점토지 면적의 극히 일부에 불과하다 .

⑤ 이 사건 쟁점토지에서 봄 소풍 , 야외나들이 등이 진행되었다고 하지만 , 그러한 일상적이고 광범위한 활동들까지 예배 , 복음 전도 등을 주된 목적으로 하는 종교단체인 원고의 종교활동에 해당된다고 보기는 어렵다 .

⑥ 한편 , 원고는 이 사건 쟁점토지에서 예배 , 수련회 등의 활동을 위하여 조림 내지 수목 사업으로 숲을 조성한 것이므로 해당 토지를 종교활동을 위하여 사용한 것이라는 취지로 주장한다 . 그러나 원고가 제출한 자료만으로는 원고가 모든 임야조성사업을 하였다고 인정하기 부족한 부분이 있을 뿐만 아니라 ( 갑 제 6 호증을 보면 이 사건 쟁점토지에 해당하는 지역에는 이미 상당한 임야가 조성되었던 것으로 보인다 ), 임야조성 사업을 하였다고 보더라도 앞서 본 원고의 정관상 목적에 조림 내지 수목 사업은 명시되어 있지 않고 , 30 년 전에 원고가 조림 내지 수목 행위를 하였다는 것만으로 이를 현재 시점에서 원고가 이 사건 쟁점토지를 종교 목적으로 사용하였는지 여부를 판단하는데 관련성이 있는 사정이라고 보기도 어렵다 . 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다 .

⑦ 또한 , 원고는 장로 1 명에게 50 만 원의 수당을 제공하여 이 사건 쟁점토지의 관리를 맡겼으므로 해당 토지를 종교활동 목적으로 사용한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나 , 앞에서 본 바와 같이 이 사건 쟁점토지는 예배당 등의 건물이 존립하는데 필수적으로 기능하는 토지라고 볼 수 없는 점 , 위와 같은 단순 관리 차원의 사용은 원고에게 있어서 토지의 간접적 , 부수적인 활용에 불과하므로 , 원고가 종교활동을 목적으로 이 사건 쟁점토지를 사용한 것이라고 보기 어렵다 . 원고의 위 주장 역시 받아들이지 않는다 .

(2) 설령 원고가 앞서 제시한 위와 같은 활동이 이 사건 쟁점토지에서 이루어진것이라고 전제하고 , 이것이 원고의 종교 목적 사용에 어느 정도 관련이 있다고 가정하더라도 , 이 사건 쟁점토지는 원고의 고유목적사업에 ‘ 직접 ’ 사용되었다고 평가할 수 없다 .

( 가 ) 구 법인세법 제 4 조 제 3 항 및 구 법인세법 시행령 제 3 조 제 2 항은 비영리법인이 고유목적으로 사용한 유형자산의 처분 수입에 대하여 과세수입에서 제외한 것은 일반 영리법인인 납세자와 비교하여서는 특별한 혜택을 부여하는 규정이다 . 이는 비영리법인이 수행하는 사업의 공익성을 고려하여 종교 등이 사회적 기능과 역할을 원활히 수행할 수 있도록 도와주는 것이기는 하나 , 이러한 규정에 대하여는 조세공평의 원칙을 위하여 위 법인세 법령의 문언대로 고유목적사업에 ‘ 직접 ’ 사용되었는지에 대해서는 엄격한 해석이 견지되어야 한다 .

( 나 ) 앞서 본 자료에 의할 때 원고가 이 사건 쟁점토지를 종교 목적으로 사용하였다고 보더라도 , 이는 일시적이거나 부수적인 사용에 불과하고 이것이 계속적 , 반복적 , 상시적인 사용에 이른다고 보기 어렵다 .

( 다 ) 00 시는 2018 년경 이후부터 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되지 않은 토지로서 과세대상이라고 보고 재산세를 부과하기 시작하였다 ( 갑 제 13 호증 ). 원고는 이 사건 소를 제기한 이후 이천시에 민원을 제기하여 이천시가 이 사건 쟁점토지 C 일부에 대하여 비과세결정 3) 을 하였다고 하나 , C 중 1,338.1 ㎡에 대하여만 비과세 대상으로 전환된 것에 불과하고 , 이는 피고가 법인세를 환급한 부분에 해당하는 C 일부 면적과 대동소이한 크기이므로 , 원고가 언급하는 이천시의 결정은 오히려 이 사건 쟁점토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되지 않는 토지임을 엿볼 수있는 사정이다 .

( 라 ) 종교 목적으로 사용하는 예배당 , 식당 등의 시설물과 달리 반드시 필요하다고 보기 어려운 임야 상태의 이 사건 쟁점토지에서 간헐적이고 일시적으로 야외기도 , 수련회 등의 활동이 있었다고 하여 , 이 사건 쟁점토지의 양도소득에 대하여 면세를 해주는 것은 종교단체 등 비영리법인의 고유목적사업을 장려하기 위하여 법인세를 감면하여 주는 취지를 저해하고 조세공평주의에 반하는 결과를 초래할 위험성이 크다 .

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다 .