조세포탈의 결과가 발생하지 아니하더라도 10년의 부과제척기간이 적용됨

부가가치세 본세에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않았다고 하더라도, 세금계산서 불성실 가산세를 부과하는 내용의 이 사건 각 처분에는 10년의 부과

제척기간이 적용된다.

사 건

2023구합70381 부가가치세 부과처분 취소 청구의 소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 10. 31.

판 결 선 고

2024. 12. 19.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 12. 31. 원고에 대하여 한 부가가치세 가산세 2014년 1기분 55,574,120원, 2014년 2기분 467,929,920원, 2015년 1기분 573,489,410원, 2015년 2기분

714,703,660원, 2016년 1기분 505,348,640원, 2016년 2기분 43,789,540원의 각 부과처

분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 관계자의 지위

1) 원고는 운송업, 유류 판매업 등을 영위하는 회사이다.

2) 주식회사 aa(이하 ‘aa’이라 한다)은 운수업 및 석유판매업 등을 영위하는 회

사로서, 도로포장용 아스팔트를 국내외 정유사로부터 매입하여 중국 등으로 수출하고

있다.

3) aa계열사들은 aa과 특수관

계에 있는 회사이다(이하 ‘aa의 계열사들’이라 하고, aa과 함께 ‘aa 등’이라 한다).

나. 세금계산서 수수

원고는 2014년 제1기부터 2016년 제2기까지 아스팔트의 공급 거래와 관련하여,

aa 등에게 합계 55,750,734,651원의 매출세금계산서 총 35매를 발급하고, aa 등 및

주식회사 bb(이하 ‘bb’라 한다)로부터 합계 62,291,031,812원의 매

입세금계산서 총 68매를 발급받았다(이하 위 각 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 각 세

금계산서’라 한다).

다. 부가가치세 가산세 부과처분

1) 서울지방국세청장은 2020. 12.경 피고에게 아래와 같이 ‘원고가 실제 아스팔트를 공급하거나 공급받지 아니하였음에도, aa 및 aa의 계열사들, bb 사이

에서 소위 끼워 넣기 거래(이하 ’이 사건 거래‘라 한다)를 하면서 이 사건 각 세금계산

서를 수수하였다’는 세무조사 결과를 통보하였다.

2) 피고는 2020. 12. 31. 원고에게 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387

호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항 제1호, 제2호에 따라 아래 [표] 기재

부가가치세 가산세를 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제22, 23, 25, 26호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전

체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

① 원고와 aa 등, bb 사이에는 재화를 공급하기로 하는 구속력 있는

합의가 있었으므로, 이 사건 거래는 진정하게 이루어진 실물거래이고 이 사건 각 세금

계산서도 가공에 해당하지 않는다. ② 이 사건 각 처분 중 2014년 1기분 내지 2015년1기분은 5년의 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 것이어서 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제3호증(가지번호 포함, 이하 같

다)의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) aa 등의 행정소송 결과

가) 마포세무서장은 2017. 1.경 aa 등에게 이 사건 거래는 가공거래에 해당한

다고 보아 부가가치세 가산세를 부과하였고, aa 등은 위 부가가치세 가산세 부과처

분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다(서울행정법원 2018구합58776).

나) 위 법원은 2019. 8. 27. 이 사건 거래는 가공거래에 해당한다는 이유로 aa

등의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 그 요지는 ‘① 이 사건 거래에 있어 중국 바

이어에 대한 실질적인 수출과정은 모두 aa 등에 의하여 이루어졌다. ② aa 등은

중국 바이어와 직접 아스팔트 수출거래를 할 수 있음에도, 일감몰아주기에 따른 증여

이익 과세를 회피하거나 조세특례제한법상 해운기업에 대한 특례를 적용받기 위하여

중간에 원고 등을 끼워 넣는 이 사건 거래를 만든 것으로 보인다. ③ 원고나 남동에스

앤티는 이 사건 거래에 참여하여 얻는 중간 이윤이 현저히 적은 편이고, 심지어 aa

은 별다른 이유 없이 원고의 이익 중 40%를 회수하는 등 중간 이윤의 일부를 회수하

기도 하였다. ④ 아스팔트 수출시 실질적으로 계약 협상 및 단가, 수량 등의 결정은 마

봉과 중국 바이어 사이에서 직접 이루어졌는데, 원고나 bb는 직접적으로 아

스팔트를 인수받지 않았을 뿐만 아니라 aa 등을 제외한 다른 판매처가 있는 것도 아니어서 거래 과정에 따른 실질적인 거래위험을 부담하였다고 보기도 어렵다’는 것이다.

다) aa 등은 위 판결에 불복하여 항소하였고(서울고등법원 2019누59365), 원

고는 위 소송에 aa 등을 위하여 보조참가하였다. 위 법원은 2021. 12. 1. aa 등의

항소를 기각하는 판결을 선고하였는데, 그 요지는 ‘① 원고가 aa이 증여이익 과세 등

을 회피할 목적으로 제3자를 중간에 끼워 넣는 거래를 만들었다는 것을 충분히 인식하

거나 인식할 수 있었음에도, 신규로 진출한 아스팔트 시장에서 거래실적을 올리기 위

하여 이 사건 거래에 형식적으로 편승한 것으로 보인다. ② 2년 이상 지속된 이 사건

거래 과정에서, 원고나 aa 등의 회사 내부에서 그 주장과 같이 중국 바이어의 거래

선 다변화 요구 및 쿼터제, 아스팔트 가격의 거래변동성에 따른 리스크 분산, 신규 사

업 진출 및 신규 시장으로의 진출기회 확보 등의 사업상 목적이 정식절차를 거쳐 기

획, 검토된 정황이나 그와 같은 사업목적이 필요했던 객관적인 상황, 회사 차원에서 정

기적으로 사업목적 달성 여부를 점검한 내역이나 자료들을 제출하지 못하고 있다. ③

원고가 이 사건 거래 과정에서 1회 거래 당 얻은 매출이익이 평균 2백여 만 원 정도에

불과하고, 아스팔트 거래를 통해 충분한 중국바이어 확보, 영업 노하우 등 무형의 이익

을 얻은 것으로 보이지 않는다. ④ 아스팔트 수출거래의 실질적인 협상과 계약은 모두

aa의 이○○와 남○○이 주도하였고, 이러한 행위가 단순히 2009. 1. 1.경 체결한 수

출협약에 따른 컨설팅 용역의 이행에 불과한 것으로 보이지 않는다’는 것이다. 위 사건

은 2022. 4. 28. aa 등의 상고가 기각되면서 확정되었다(대법원 2022두31723, 이하

‘관련 판결’이라 한다)

2) bb의 행정소송 결과

서대문세무서장은 2017. 1. 2. bb에게 이 사건 거래 중 bb와 관련된 부분이 가공거래에 해당한다는 이유로 부가가치세 가산세를 부과하였고, 남

동에스앤티는 위 부가가치세 가산세 부과처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다

(서울행정법원 2018구합55609). 위 법원은 2018. 8. 3. 위 거래가 가공거래에 해당한다

는 취지에서 bb의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2019. 1.

11. bb의 항소(서울고등법원 2018누61323)가 기각되고, 2019. 5. 30. 상고

(대법원 2019두33583)가 기각되면서 확정되었다.

3) 원고에 대한 형사소송 결과

원고와 그 사용인인 석○○은 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 않고 이

사건 각 세금계산서를 발급 또는 수취하였다는 범죄사실에 관하여 조세범처벌법위반

죄로 기소되었다(서울중앙지방법원 2023고합123). 위 법원은 2024. 1. 26. 이 사건 거

래가 가공거래에 해당한다는 취지에서 원고에 대한 유죄 판결을 선고하였는데, 그 요

지는 ‘① 석○○은 아스팔트 거래실적을 유지하기 위하여 이 사건 거래에 형식적으로

편승한 것으로 보인다. ② 이 사건 거래 업무 일체는 aa의 남○○에 의하여 주도적

으로 이루어졌다. ③ 원고가 미미한 이익만 얻으면서 이 사건 거래를 지속할 만한 특

별한 이윤상의 동기가 확인되지 않고, 원고가 이 사건 거래로 얻은 이익을 aa에게

환급해주려고 한 정황까지 확인된다. ④ 원고가 얻은 아스팔트 단위 물량 당 마진 또

한 aa의 계열사들이 일방적으로 정해주었다. ⑤ 특정 시점부터 원고에게 발생한 손실

은 그 전에 얻은 이익을 추후 이루어지는 거래에서 상쇄하려 한 시도로 보인다. ⑥ 원고

가 별도로 중국 바이어를 확보하기 위하여 노력하였다고 볼 만한 구체적인 정황은 없다’

는 것이다[원고가 위 판결에 불복하여 항소하였으나(서울고등법원 2024노436), 2024. 11.

29. 그 항소가 기각된 후 그대로 확정된 것으로 보인다].라. 구체적 판단

1) 이 사건 각 세금계산서가 가공인지

가) 우선, 피고는 이 사건에 관련 판결의 참가적 효력이 미친다고 주장한다. 그

러나 민사소송법 제77조 에 의한 보조참가의 경우 그 재판이 참가인에게 미치는 참가적

효력은 참가인과 피참가인 사이에만 발생되는 것이어서(대법원 1974. 6. 4. 선고 73다

1030 판결 참조), 피참가인 또는 피참가인 상대방도 아닌 피고와 원고 사이에는 관련

판결의 참가적 효력이 발생하지 않는다.

나) 그러나 확정된 관련 판결에서 인정된 사실관계는 행정소송에서도 유력한 증

거자료가 된다(대법원 2002. 1. 25. 선고 2001두1635 판결, 대법원 2019. 7. 4. 선고

2018두66869 판결 등 참조). 위 인정사실과 각 증거에 의하면, aa 등과 남동에스앤

티가 제기한 행정소송에서 이 사건 거래는 가공거래에 해당한다는 이유로 모두 패소판

결을 선고받아 확정되었고, 원고 또한 형사소송에서 이 사건 각 세금계산서가 가공에

해당한다는 이유로 조세범처벌법위반죄로 유죄 판결을 선고받아 확정되었음을 알 수

있다. 그리고 원고가 제출한 증거들만으로는 위와 같이 확정된 판결들에 나타난 이 사

건 거래의 목적, 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지

급관계 등에 관한 사실 판단을 뒤집고, 이 사건 각 세금계산서가 실물거래에 기초하여

작성된 진실한 세금계산서에 해당한다고 인정하기 어렵다. 이를 다투는 원고의 주장은

받아들이지 않는다.

2) 부과제척기간 경과 여부

가) 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같

다) 제26조의2 제1항 제1의2호 다목은 납세자가 부정행위로 구 부가가치세법 제60조제3항 에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세의 부과제척기간을 10년으로

규정하고 있다. 그리고 여기에서의 부정행위란 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의

부정한 행위’를 말하는 것으로서(구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 참조), 이중장

부의 작성 등 장부의 거짓 기장, 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취, 고의적으

로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위, 계산서, 세금계산서 또는 계

산서합계표, 세금계산서합계표의 조작, 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위 등

조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 말한

다[구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12

조의2 제1항, 조세범처벌법 제3조 제6항 ].

나) 한편, 구 부가가치세법 제60조 제3항 등 규정은 세금계산서 제도가 당사자

사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을

용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한

행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여

금 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급하거나 발급받지 않도록 할 의무를

부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이를 위반하여 재화 또는 용역의 공급 없이 세

금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서 불성실 가산세를 부과하도록

한 것이다(대법원 2016. 9. 23. 선고 2014두9912 판결 등 참조).

다) 원고가 가공의 이 사건 각 세금계산서를 발급하거나 발급받은 사실은 앞서

인정한 바와 같고, 갑 제8증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 위 과정에

서 인보이스, 계약서 등 거짓 증빙 또는 거짓 문서를 작성하거나 수취하였음을 알 수

있다. 그러므로 원고는 세금계산서 불성실 가산세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나현저히 곤란하게 하는 적극적 행위, 즉 부정행위로 구 부가가치세법 제60조 제3항 의

가산세 부과대상이 되었다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 원고는 이 사건 거래에는 영세율이 적용되었으므로 원고에게 조세

포탈의 목적이 없었고 그 결과도 발생하지 않았다고 주장한다. 그러나 구 국세기본법

제26조의2 제1항 제1의2호는 장기부과제척기간 적용 요건으로 ‘부정행위’만을 요구하

고 있을 뿐, ‘부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우’일 것을 요구하고 있

지 않다. 이러한 규정의 내용, 형식과 세금계산서 불성실 가산세의 취지에 비추어 보

면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호는 다른 가산세와 달리 행정상 제재로서

의 의미가 큰 일정한 가산세에 대해서만큼은 부정행위가 있었던 경우 본세의 포탈이나

그 목적이 없었다고 하더라도 10년의 부과제척기간을 적용하겠다는 취지라고 봄이 타

당하다. 따라서 부가가치세 본세에 대하여 조세포탈의 결과가 발생하지 않았다고 하더

라도, 세금계산서 불성실 가산세를 부과하는 내용의 이 사건 각 처분에는 10년의 부과

제척기간이 적용된다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

3) 소결론

이 사건 각 처분은 위법하다고 볼 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.