법인세등부과처분취소[국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하면서 발생한 소득의 법인세 과세대상 해당 여부와 과세표준 증명책임 등이 문제된 사건]

[1] 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제91조 제1항 제3호, 제93조 제5호, 제11호 (차)목, 법인세법 시행령 제132조 제2항 제7호의 내용과 체계 등을 종합하여 보면, 국내사업장을 가진 외국법인이 국내 및 국외에 걸쳐 선박에 의한 국제운송업을 영위하는 경우 위 사업에서 발생하는 소득 중 국내에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득만이 구 법인세법 제93조 제5호에 따른 해당 외국법인의 국내원천 사업소득으로서 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준에 포함된다고 보아야 하고, 국외에서 승선한 여객이나 선적한 화물에 관련하여 발생한 소득은 국내원천 사업소득이 아니어서 법인세 과세표준에 포함되지 아니한다. 그리고 국내원천 기타소득에 관한 구 법인세법 제93조 제11호 (차)목을 근거로 하여서도 국내 및 국외를 불문하고 위 국제운송업에서 발생하는 소득 전부가 국내원천소득에 해당한다고 해석할 수는 없다.

[2] 과세처분 취소소송에서 과세요건사실의 존부 및 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로, 국내사업장을 가진 외국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 국내원천소득 총합계액에 관한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 외국법인의 국내원천소득 총합계액에 포함되는 '선박의 외국항행소득'의 존재 및 범위도 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다.

[3] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제10조 제2항 제2호, 제11조 제1항 제3호, 제2항, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제25조 제1항 등 관련 규정의 문언과 체계 등을 종합하여 보면, 비거주자 또는 외국법인에 의하여 제공되는 외국항행용역의 경우에는 여객의 탑승이나 화물의 적재가 국내에서 이루어지는 경우에 한하여 부가가치세 과세대상이 되고, 특히 해당 외국법인이 상호면세국의 사업자인 경우에는 우리나라에서 여객이나 화물이 탑승 또는 적재되는 경우에만 영세율이 적용되므로, 외국항행용역을 제공하는 외국법인은 위와 같은 경우에만 영세율이 적용되는 과세표준을 신고할 의무가 있다. 그리고 어떠한 거래에 대하여 영세율 적용 여부의 다툼이 있는 경우 영세율 적용요건에 관한 증명책임은 영세율 적용을 주장하는 자에게 있고, 부가가치세 영세율과세표준 신고불성실가산세와 관련하여 그 과세의 근거가 되는 영세율과세표준의 증명책임은 과세관청에 있으므로 그 영세율과세표준 확정의 기초가 되는 공급가액이 적법하게 산정되었다는 사정에 대한 증명책임도 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 과세관청에 있다고 봄이 타당하다.