양도소득세부과처분취소

甲 등이 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득한 후 거주하던 조정대상지역에 있는 종전주택을 양도하여, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항에서 정하는 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 관할 세무서장이 甲 등은 종전주택을 양도한 후 사후적으로 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에서 정하는 신규주택으로의 이사 및 전입요건을 충족하지 못한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 배제하여 양도소득세를 경정고지하고, 국세기본법 제47조의4에 따른 납부지연가산세를 부과한 사안이다.

관할 세무서장은 납부지연가산세의 계산 근거가 된 납부지연기간의 기산일을 양도소득세의 예정신고·납부기한의 다음 날로 계산하였는데, 신규주택의 전 소유자와 임차인 사이의 임대차계약기간 때문에 甲 등은 신규주택을 취득한 후 곧바로 신규주택에 전입할 수 없어 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목에 따라 위 임대차계약 종료일까지로 전입신고 및 이사 기한이 연장되었다고 보아야 하므로, 위 임대차계약 종료일이 지나야 甲 등이 신규주택으로 이사 및 전입신고를 마쳤는지가 결정되어, 그 이전에는 관할 세무서장 역시 甲 등에 과소신고세액에 대한 납부지연가산세를 부과할 수 없었을 것인 점, 甲 등에게 납부지연가산세를 부과하기 위해서는 甲 등에게 납부기한을 도과한 양도소득세 납부의무가 있어야 하나, 甲 등으로서는 신규주택의 임차인과 구 소유자 사이의 임대차계약기간이 끝나는 날까지 신규주택으로 이사 및 전입신고를 하려고 하였으나 부득이하게 이를 이행하지 못한 것일 수 있는데, 甲 등에게 사후적으로 위 요건을 충족하지 못하게 될 경우를 전제한 양도소득세를 미리 신고·납부하여야 할 의무까지 부과하기는 어려운 점 등을 종합하면, 甲 등이 임차인과 구 소유자 사이의 임대차계약기간 종료일까지 신규주택으로의 이사 및 전입신고 의무를 이행하지 못하게 된 시점에서 비로소 감면받은 양도소득세 차액분에 관한 신고·납부의무가 발생한다는 이유로, 위 처분 중 신규주택의 전 소유자와 임차인 사이의 임대차계약 종료일까지 기간에 부과된 납부지연가산세 부분은 위법하다고 한 사례이다.